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fish637

銅蟲(chóng) (初入文壇)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 338.5
帖子: 31
在線: 17.5小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 2741732
注冊(cè): 2013-10-21
專業(yè): 交通工程

[求助] prodrg生成小分子不同文件時(shí)的問(wèn)題已有1人參與

想用Gromacs模擬小分子，在prodrg中輸入分子式，如CH3(CH2)25CH3，結(jié)果生成小分子坐標(biāo)文件和itp時(shí)，不是以單個(gè)原子為單元的，而是以CH3或CH2為一組的，提供的itp如下。有什么辦法能得到atom命名為C、H的，type類型為C、H的itp,而不是以原子組CH3或者CH2的形式。請(qǐng)大神們幫幫忙~~
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
LIG    3

[ atoms ]
; nr    type  resnr resid  atom  cgnr charge    mass
   1    CH3    1  LIG    CAZ    1 -0.023  15.0350
   2    CH2    1  LIG    CAX    1 0.001  14.0270
   3    CH2    1  LIG    CAW    1 0.004  14.0270
   4    CH2    1  LIG    CAT    1 0.004  14.0270
   5    CH2    1  LIG    CAR    1 0.004  14.0270
   6    CH2    1  LIG    CAP    1 0.005  14.0270
   7    CH2    1  LIG    CAN    1 0.005  14.0270
   8    CH2    1  LIG    CAM    2 0.000  14.0270
   9    CH2    1  LIG    CAJ    2 0.000  14.0270
10    CH2    1  LIG    CAH    2 -0.001  14.0270
11    CH2    1  LIG    CAF    2 0.001  14.0270
12    CH2    1  LIG    CAD    3 0.000  14.0270
13    CH2    1  LIG    CAB    3 0.000  14.0270
14    CH2    1  LIG    CAA    3 -0.001  14.0270
15    CH2    1  LIG    CAC    3 0.001  14.0270
16    CH2    1  LIG    CAE    4 0.000  14.0270
17    CH2    1  LIG    CAG    4 0.000  14.0270
18    CH2    1  LIG    CAI    4 0.000  14.0270
19    CH2    1  LIG    CAK    5 0.000  14.0270
20    CH2    1  LIG    CAL    5 0.000  14.0270
21    CH2    1  LIG    CAO    6 0.004  14.0270
22    CH2    1  LIG    CAQ    6 0.003  14.0270
23    CH2    1  LIG    CAS    6 0.003  14.0270
24    CH2    1  LIG    CAU    6 0.003  14.0270
25    CH2    1  LIG    CAV    6 0.005  14.0270
26    CH2    1  LIG    CAY    6 0.004  14.0270
27    CH3    1  LIG    CBA    6 -0.022  15.0350

[ bonds ]
; ai  aj  fu c0, c1, ...
2 1 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAX  CAZ
2 3 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAX  CAW
3 4 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAW  CAT
4 5 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAT  CAR
5 6 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAR  CAP
6 7 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAP  CAN
7 8 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAN  CAM
8 9 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAM  CAJ
9  10 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAJ  CAH
  10  11 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAH  CAF
  11  12 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAF  CAD
  12  13 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAD  CAB
  13  14 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAB  CAA
  14  15 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAA  CAC
  15  16 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAC  CAE
  16  17 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAE  CAG
  17  18 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAG  CAI
  18  19 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAI  CAK
  19  20 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAK  CAL
  20  21 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAL  CAO
  21  22 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAO  CAQ
  22  23 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAQ  CAS
  23  24 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAS  CAU
  24  25 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAU  CAV
  25  26 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAV  CAY
  26  27 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAY  CBA

[ pairs ]
; ai  aj  fu c0, c1, ...
1 4 1                                        ; CAZ  CAT
2 5 1                                        ; CAX  CAR
3 6 1                                        ; CAW  CAP
4 7 1                                        ; CAT  CAN
5 8 1                                        ; CAR  CAM
6 9 1                                        ; CAP  CAJ
7  10 1                                        ; CAN  CAH
8  11 1                                        ; CAM  CAF
9  12 1                                        ; CAJ  CAD
  10  13 1                                        ; CAH  CAB
  11  14 1                                        ; CAF  CAA
  12  15 1                                        ; CAD  CAC
  13  16 1                                        ; CAB  CAE
  14  17 1                                        ; CAA  CAG
  15  18 1                                        ; CAC  CAI
  16  19 1                                        ; CAE  CAK
  17  20 1                                        ; CAG  CAL
  18  21 1                                        ; CAI  CAO
  19  22 1                                        ; CAK  CAQ
  20  23 1                                        ; CAL  CAS
  21  24 1                                        ; CAO  CAU
  22  25 1                                        ; CAQ  CAV
  23  26 1                                        ; CAS  CAY
  24  27 1                                        ; CAU  CBA

[ angles ]
; ai  aj  ak  fu c0, c1, ...
1 2 3 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAZ  CAX  CAW
2 3 4 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAX  CAW  CAT
3 4 5 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAW  CAT  CAR
4 5 6 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAT  CAR  CAP
5 6 7 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAR  CAP  CAN
6 7 8 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAP  CAN  CAM
7 8 9 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAN  CAM  CAJ
8 9  10 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAM  CAJ  CAH
9  10  11 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAJ  CAH  CAF
  10  11  12 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAH  CAF  CAD
  11  12  13 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAF  CAD  CAB
  12  13  14 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAD  CAB  CAA
  13  14  15 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAB  CAA  CAC
  14  15  16 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAA  CAC  CAE
  15  16  17 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAC  CAE  CAG
  16  17  18 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAE  CAG  CAI
  17  18  19 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAG  CAI  CAK
  18  19  20 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAI  CAK  CAL
  19  20  21 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAK  CAL  CAO
  20  21  22 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAL  CAO  CAQ
  21  22  23 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAO  CAQ  CAS
  22  23  24 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAQ  CAS  CAU
  23  24  25 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAS  CAU  CAV
  24  25  26 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAU  CAV  CAY
  25  26  27 2 109.5    520.0 109.5    520.0 ; CAV  CAY  CBA

[ dihedrals ]
; ai  aj  ak  al  fu c0, c1, m, ...
4 3 2 1 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAT  CAW  CAX  CAZ
5 4 3 2 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAR  CAT  CAW  CAX
6 5 4 3 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAP  CAR  CAT  CAW
7 6 5 4 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAN  CAP  CAR  CAT
8 7 6 5 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAM  CAN  CAP  CAR
9 8 7 6 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAJ  CAM  CAN  CAP
  10 9 8 7 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAH  CAJ  CAM  CAN
  11  10 9 8 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAF  CAH  CAJ  CAM
  12  11  10 9 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAD  CAF  CAH  CAJ
  13  12  11  10 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAB  CAD  CAF  CAH
  14  13  12  11 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAA  CAB  CAD  CAF
  15  14  13  12 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAC  CAA  CAB  CAD
  16  15  14  13 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAE  CAC  CAA  CAB
  17  16  15  14 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAG  CAE  CAC  CAA
  18  17  16  15 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAI  CAG  CAE  CAC
  19  18  17  16 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAK  CAI  CAG  CAE
  20  19  18  17 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAL  CAK  CAI  CAG
  21  20  19  18 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAO  CAL  CAK  CAI
  22  21  20  19 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAQ  CAO  CAL  CAK
  23  22  21  20 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAS  CAQ  CAO  CAL
  24  23  22  21 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAU  CAS  CAQ  CAO
  25  24  23  22 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAV  CAU  CAS  CAQ
  26  25  24  23 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CAY  CAV  CAU  CAS
  27  26  25  24 1    0.0 5.9 3    0.0 5.9 3 ; dih CBA  CAY  CAV  CAU

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應(yīng)該跟力場(chǎng)有關(guān)吧，你看看prodrg能不能換成全原子力場(chǎng)

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2樓2014-10-07 16:13:17

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fish637

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引用回帖:

2樓: Originally posted by zhzj2011 at 2014-10-07 16:13:17
應(yīng)該跟力場(chǎng)有關(guān)吧，你看看prodrg能不能換成全原子力場(chǎng)

prodrg使用時(shí)，沒(méi)有選力場(chǎng)的項(xiàng)，并且使用說(shuō)明有指出它是按組生成的，不知道樓主有么有好的辦法

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3樓2014-10-07 20:44:42

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wgz_tju

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fish637: 金幣+2, ★有幫助 2014-10-21 10:55:46

引用回帖:

3樓: Originally posted by fish637 at 2014-10-07 20:44:42
prodrg使用時(shí)，沒(méi)有選力場(chǎng)的項(xiàng)，并且使用說(shuō)明有指出它是按組生成的，不知道樓主有么有好的辦法...

它默認(rèn)用gromos力場(chǎng)

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4樓2014-10-20 15:41:04

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