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Emille1991金蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
如何用fit2d處理GiSAXS數(shù)據(jù)，急！ 已有2人參與
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最近測(cè)試了樣品的GiSAXS,可是不會(huì)用fit2的處理軟件，按照李志宏老師的教程也不能導(dǎo)出，急求有人能教一下，最好能遠(yuǎn)程指導(dǎo)或者什么的，還有我想知道什么情況下要矩形積分，什么情況下扇形積分以及怎么給二維的譜圖加上坐標(biāo)。這個(gè)數(shù)據(jù)測(cè)出好久了，學(xué)校一直找不到人會(huì)處理，很著急，多謝大家了啊 圖片1.png |
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Emille1991
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3樓2014-10-13 14:31:05
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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FIT2D簡(jiǎn)明使用手冊(cè) FIT2D是由ESRF（European Synchrotron Radiation Facility）工作人員編寫(xiě)的一款軟件，其功能較為豐富，本文僅就其小角散射部分進(jìn)行介紹。 啟動(dòng)和運(yùn)行 本軟件無(wú)需安裝和注冊(cè)，直接在FIT2D文件夾下雙擊fit2d.exe文件即可開(kāi)始運(yùn)行，其界面包括文本窗口和圖形窗口： 圖1：文本窗口 圖2：圖形窗口 在圖形窗口下單擊I ACCEPT，進(jìn)入程序初始化設(shè)置界面： 圖3：初始化界面 單擊X-DIMENSION按鈕可對(duì)X軸初始長(zhǎng)度進(jìn)行設(shè)置，同樣可設(shè)置Y軸，注意如果設(shè)置值小于載入圖像的尺度，圖像將不能完全顯示。 MEMORY按鈕用于為程序分配內(nèi)存，如果設(shè)定為NO，則程序?qū)⒉环峙湔加脙?nèi)存序列。通常設(shè)定為YES。 VARIANCE按鈕將使程序占用雙倍內(nèi)存，通常設(shè)定為NO，僅當(dāng)某些數(shù)據(jù)分析出錯(cuò)時(shí)開(kāi)啟。 設(shè)置完畢后，單擊OK，進(jìn)入主菜單： 圖4：主菜單 小角散射分析 在主菜單下單擊SAXS/GISAXS選項(xiàng)，進(jìn)入小角散射數(shù)據(jù)分析界面（可以看出，此部分程序是由粉末衍射程序移植而來(lái)）。 圖5：小角散射 點(diǎn)擊INPUT鍵，輸入文件： 圖6：文件的讀入 路徑的默認(rèn)值是在FIT2D文件夾下，左側(cè)窗口可選擇上一層或下一層文件夾，右側(cè)顯示文件名。注意：所有操作均為單擊，與通常windows習(xí)慣不同。 圖7：示例（衍射圖） 文件打開(kāi)后程序界面如圖7 所示，其主要功能均以下方按鍵形式定義，下文將主要介紹兩種數(shù)據(jù)采集模式。 確定光束線中心點(diǎn) 點(diǎn)擊BEAM CENTER，進(jìn)入子菜單。 圖8：BEAM CENTER 本軟件提供的定位方法包括2維高斯擬合、平均值定位、圓環(huán)定位、橢圓環(huán)定位等。常用的是2維高斯擬合，首先點(diǎn)擊2D GAUSSIAN FIT： 圖9：選擇束線中心 根據(jù)圖形概略的選擇束線中心的位置，注意不能偏差太多。 圖10：得到光束線中心 計(jì)算完畢，自動(dòng)退回到小角散射界面。 求解光束線中心是一項(xiàng)重要的準(zhǔn)備工作，下文將要介紹的兩種數(shù)據(jù)采集模式都需要確定光束線中心。 PROJECTION模式 在此模式下，程序?qū)⑻崛〗?jīng)過(guò)中心的狹長(zhǎng)條型區(qū)域內(nèi)的像素，并得到徑向上的強(qiáng)度變化曲線。 首先點(diǎn)擊菜單中的PROJECTION，依據(jù)程序提示，選擇積分區(qū)的終點(diǎn)。 圖11：選取積分區(qū)長(zhǎng)度 確定積分區(qū)長(zhǎng)度后，依系統(tǒng)提示在積分線兩側(cè)各取一點(diǎn)，確定積分區(qū)寬度。 圖12：選取積分區(qū)寬度 積分區(qū)完全確定后，按YES繼續(xù)。 圖13：積分區(qū)確定 輸入實(shí)驗(yàn)設(shè)備數(shù)據(jù)：包括像素元大小、樣品到成像板距離、光束的波長(zhǎng)、中心位置、傾斜修正等，可點(diǎn)擊相應(yīng)按鍵進(jìn)行更改： 圖14 ：輸入實(shí)驗(yàn)設(shè)備數(shù)據(jù) 選擇掃描方式（可以有q值、2θ角、半徑R等不同表示法）、是否歸一化、幾何校正等： 圖15：掃描方式 最后，確認(rèn)輸出數(shù)據(jù)的位寬： 圖16：輸出位寬 點(diǎn)擊OK后，運(yùn)算開(kāi)始。正常情況下，僅需數(shù)秒即可得到結(jié)果。運(yùn)算結(jié)束后下方菜單自動(dòng)跳轉(zhuǎn)回小角散射界面。 圖17：計(jì)算完畢 結(jié)果輸出 點(diǎn)擊OUTPUT按鈕將計(jì)算所得結(jié)果輸出為文件。 FIT2D提供了數(shù)種不同的數(shù)據(jù)輸出格式，包括二進(jìn)制文件、*.chi、*.cif等文件格式可供選擇： 圖18：文件類(lèi)型選擇 我們?cè)谶@里選擇CHIPOLT格式，因?yàn)樗梢员容^方便的使用windows自帶的記事本進(jìn)行編輯。 首先點(diǎn)擊CHIPLOT，設(shè)定輸出參數(shù)： 圖19：輸出參數(shù)設(shè)定 點(diǎn)擊FILE NAME 可定義輸出文件名及路徑，下方的三個(gè)按鈕用于定義輸出的格式：行數(shù)或者列數(shù)。 存儲(chǔ)后的文件用記事本打開(kāi)如下： 圖20：atest.chi 可以看到最上一行表明了原始數(shù)據(jù)文件的位置和名稱(chēng)，以及數(shù)據(jù)表達(dá)的內(nèi)容（q空間）�？v列共有2126行，左側(cè)為q坐標(biāo)，右側(cè)為強(qiáng)度值。 CAKE模式 在此模式下，程序?qū)⑻崛∫怨馐�中心為圓心的扇形環(huán)區(qū)域的數(shù)據(jù)，并經(jīng)積分得到徑向強(qiáng)度的變化。 首先，輸入文件后，在小角散射界面下點(diǎn)擊CAKE： 圖21：CAKE 下面進(jìn)入了光束線中心子菜單，如果光束線中心已確定而且不需更改，可以點(diǎn)NO CHANGE跳過(guò)： 圖22：確認(rèn)光束線 選擇扇形的起止角度，鼠標(biāo)單擊即可（默認(rèn)的起點(diǎn)為0度，終點(diǎn)為360度）： 圖23：選擇起始角 選擇徑向起點(diǎn)（默認(rèn)值為光束線中心）： 圖24：選擇積分內(nèi)限 最后選擇徑向終點(diǎn)： 圖25：選擇積分外限 點(diǎn)擊INTEGRATE即可進(jìn)入積分運(yùn)算，在進(jìn)入下一步之前，仍可對(duì)已設(shè)定的諸參數(shù)進(jìn)行更改： 圖26：點(diǎn)擊INTEGRATE 下一步輸入的是實(shí)驗(yàn)設(shè)備數(shù)據(jù)：包括像素元大小、樣品到成像板距離、光束的波長(zhǎng)、中心位置、傾斜修正等，界面與PROJECTION模式下完全相同。 最后再一次確定積分區(qū)間，以及掃描方式（q值、2θ角、半徑R等不同表示法）、是否需要?dú)w一化、偏振因子修正、幾何校正等： 圖27：積分選項(xiàng) 一切就緒后，點(diǎn)擊OK開(kāi)始計(jì)算。結(jié)果以2維圖形顯示。可以看出原本為扇形的區(qū)域被展開(kāi)為矩形： 圖28：結(jié)果 如果要得到一維的徑向強(qiáng)度變化，可以在積分之前設(shè)定AZIMUTH BINS值為1 ： 圖29：設(shè)定AZIMUTH BINS 即可得到一維結(jié)果： 圖30：結(jié)果 輸出結(jié)果的操作與PROJECTION模式下完全相同，不再贅述，僅以此為例介紹另一種文件格式。 PodwerCIF同樣是一種可以用記事本進(jìn)行編輯的文件格式，打開(kāi)后的文件如下： 圖31：atest.cif 可以看出它于.chi文件的不同之處在于只給出了強(qiáng)度，沒(méi)有提供坐標(biāo)的輸出，取而代之的是積分的上下限和步長(zhǎng)。 |
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2樓2014-10-12 21:03:24
datoumaodan
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4樓2014-11-10 22:16:18
manloving
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5樓2015-12-03 17:29:10
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