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Emille1991金蟲 (初入文壇)
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[求助]
如何用fit2d處理GiSAXS數據，急！ 已有2人參與
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最近測試了樣品的GiSAXS,可是不會用fit2的處理軟件，按照李志宏老師的教程也不能導出，急求有人能教一下，最好能遠程指導或者什么的，還有我想知道什么情況下要矩形積分，什么情況下扇形積分以及怎么給二維的譜圖加上坐標。這個數據測出好久了，學校一直找不到人會處理，很著急，多謝大家了啊 圖片1.png |
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- 專業(yè): 理論和計算化學
【答案】應助回帖
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FIT2D簡明使用手冊 FIT2D是由ESRF（European Synchrotron Radiation Facility）工作人員編寫的一款軟件，其功能較為豐富，本文僅就其小角散射部分進行介紹。 啟動和運行 本軟件無需安裝和注冊，直接在FIT2D文件夾下雙擊fit2d.exe文件即可開始運行，其界面包括文本窗口和圖形窗口： 圖1：文本窗口 圖2：圖形窗口 在圖形窗口下單擊I ACCEPT，進入程序初始化設置界面： 圖3：初始化界面 單擊X-DIMENSION按鈕可對X軸初始長度進行設置，同樣可設置Y軸，注意如果設置值小于載入圖像的尺度，圖像將不能完全顯示。 MEMORY按鈕用于為程序分配內存，如果設定為NO，則程序將不分配占用內存序列。通常設定為YES。 VARIANCE按鈕將使程序占用雙倍內存，通常設定為NO，僅當某些數據分析出錯時開啟。 設置完畢后，單擊OK，進入主菜單： 圖4：主菜單 小角散射分析 在主菜單下單擊SAXS/GISAXS選項，進入小角散射數據分析界面（可以看出，此部分程序是由粉末衍射程序移植而來）。 圖5：小角散射 點擊INPUT鍵，輸入文件： 圖6：文件的讀入 路徑的默認值是在FIT2D文件夾下，左側窗口可選擇上一層或下一層文件夾，右側顯示文件名。注意：所有操作均為單擊，與通常windows習慣不同。 圖7：示例（衍射圖） 文件打開后程序界面如圖7 所示，其主要功能均以下方按鍵形式定義，下文將主要介紹兩種數據采集模式。 確定光束線中心點 點擊BEAM CENTER，進入子菜單。 圖8：BEAM CENTER 本軟件提供的定位方法包括2維高斯擬合、平均值定位、圓環(huán)定位、橢圓環(huán)定位等。常用的是2維高斯擬合，首先點擊2D GAUSSIAN FIT： 圖9：選擇束線中心 根據圖形概略的選擇束線中心的位置，注意不能偏差太多。 圖10：得到光束線中心 計算完畢，自動退回到小角散射界面。 求解光束線中心是一項重要的準備工作，下文將要介紹的兩種數據采集模式都需要確定光束線中心。 PROJECTION模式 在此模式下，程序將提取經過中心的狹長條型區(qū)域內的像素，并得到徑向上的強度變化曲線。 首先點擊菜單中的PROJECTION，依據程序提示，選擇積分區(qū)的終點。 圖11：選取積分區(qū)長度 確定積分區(qū)長度后，依系統(tǒng)提示在積分線兩側各取一點，確定積分區(qū)寬度。 圖12：選取積分區(qū)寬度 積分區(qū)完全確定后，按YES繼續(xù)。 圖13：積分區(qū)確定 輸入實驗設備數據：包括像素元大小、樣品到成像板距離、光束的波長、中心位置、傾斜修正等，可點擊相應按鍵進行更改： 圖14 ：輸入實驗設備數據 選擇掃描方式（可以有q值、2θ角、半徑R等不同表示法）、是否歸一化、幾何校正等： 圖15：掃描方式 最后，確認輸出數據的位寬： 圖16：輸出位寬 點擊OK后，運算開始。正常情況下，僅需數秒即可得到結果。運算結束后下方菜單自動跳轉回小角散射界面。 圖17：計算完畢 結果輸出 點擊OUTPUT按鈕將計算所得結果輸出為文件。 FIT2D提供了數種不同的數據輸出格式，包括二進制文件、*.chi、*.cif等文件格式可供選擇： 圖18：文件類型選擇 我們在這里選擇CHIPOLT格式，因為它可以比較方便的使用windows自帶的記事本進行編輯。 首先點擊CHIPLOT，設定輸出參數： 圖19：輸出參數設定 點擊FILE NAME 可定義輸出文件名及路徑，下方的三個按鈕用于定義輸出的格式：行數或者列數。 存儲后的文件用記事本打開如下： 圖20：atest.chi 可以看到最上一行表明了原始數據文件的位置和名稱，以及數據表達的內容（q空間）。縱列共有2126行，左側為q坐標，右側為強度值。 CAKE模式 在此模式下，程序將提取以光束線中心為圓心的扇形環(huán)區(qū)域的數據，并經積分得到徑向強度的變化。 首先，輸入文件后，在小角散射界面下點擊CAKE： 圖21：CAKE 下面進入了光束線中心子菜單，如果光束線中心已確定而且不需更改，可以點NO CHANGE跳過： 圖22：確認光束線 選擇扇形的起止角度，鼠標單擊即可（默認的起點為0度，終點為360度）： 圖23：選擇起始角 選擇徑向起點（默認值為光束線中心）： 圖24：選擇積分內限 最后選擇徑向終點： 圖25：選擇積分外限 點擊INTEGRATE即可進入積分運算，在進入下一步之前，仍可對已設定的諸參數進行更改： 圖26：點擊INTEGRATE 下一步輸入的是實驗設備數據：包括像素元大小、樣品到成像板距離、光束的波長、中心位置、傾斜修正等，界面與PROJECTION模式下完全相同。 最后再一次確定積分區(qū)間，以及掃描方式（q值、2θ角、半徑R等不同表示法）、是否需要歸一化、偏振因子修正、幾何校正等： 圖27：積分選項 一切就緒后，點擊OK開始計算。結果以2維圖形顯示�？梢钥闯鲈緸樯刃蔚膮^(qū)域被展開為矩形： 圖28：結果 如果要得到一維的徑向強度變化，可以在積分之前設定AZIMUTH BINS值為1 ： 圖29：設定AZIMUTH BINS 即可得到一維結果： 圖30：結果 輸出結果的操作與PROJECTION模式下完全相同，不再贅述，僅以此為例介紹另一種文件格式。 PodwerCIF同樣是一種可以用記事本進行編輯的文件格式，打開后的文件如下： 圖31：atest.cif 可以看出它于.chi文件的不同之處在于只給出了強度，沒有提供坐標的輸出，取而代之的是積分的上下限和步長。 |
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Emille1991
2樓2014-10-12 21:03:24
Emille1991
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