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[求助]
有沒有計算吸收光譜半峰寬的經(jīng)驗公式 已有1人參與
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| 最近做了一下取代基效應(yīng)對共軛骨架吸收光譜的影響,文獻報道引入X可使吸收紅移,并且光譜展寬。我現(xiàn)在可以做出紅移,展寬高斯做不了好像,只能畫光譜的時候設(shè)定FWHM數(shù)值。我想請教一下,有沒有可以預(yù)測幫峰寬的經(jīng)驗的或者簡單實用的公式?萬分感激! |


木蟲 (正式寫手)
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本質(zhì)上講,高斯的正則模式分析不能計算紅外峰寬,它得到的永遠是譜線。為什么呢?因為它的計算基于單個構(gòu)型(最優(yōu)構(gòu)象的基態(tài)ground state), 而實際譜線變寬(broadening/diffusing),是分子、原子相互作用、運動導(dǎo)致在不同構(gòu)型上吸收的結(jié)果,這從單個構(gòu)型計算是無法得到的。 譜線變寬有多種原因,多普勒效應(yīng),雜質(zhì)效應(yīng),量子效應(yīng)(不確定原理), 壓力效應(yīng)。具體到你的體系,如果引入一個基團,導(dǎo)致骨架某個模式的吸收變寬,很可能是這個基團是吸電子的,弱化了骨架的共軛性能,破壞了骨架的剛性,而柔性的分子有更大的可能在熱作用之下呈現(xiàn)更多的構(gòu)型,從而使譜線變寬。由于峰帶的寬度與溫度、分子偶極變化有關(guān), 而且對環(huán)境以及測量參數(shù)極為敏感,因此不太可能有任何理論能夠預(yù)測這個寬度。(c.f. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21165017) 有一種方法能夠模擬特定溫度下的紅外光譜,就是分子動力學(xué)方法,即系綜平均法。這種方法能夠得到峰帶band。這種方法通過對體系的總偶極的自相關(guān)函數(shù)的傅里葉變換得到吸收光譜,前提是你需要跑一個從頭算分子動力學(xué),還要計算每一步的總偶極,最后的傅里葉變換也需要特定的code,略微麻煩,感覺你犯不著去趟那趟渾水。 |


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