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po390金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
NAMD/VMD 構(gòu)建真空層 已有1人參與
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目前，我用VMD/NAMD構(gòu)建一個(gè)納米水通道模型，水通道的上下，構(gòu)建鹽水層和清水層，構(gòu)建的方式采用的是圖中b的方式（圖片來(lái)源： F.E. Herrera, S. Pantano, Salt induced asymmetry in membrane simulations by partial restriction of ionic motion, J. Chem. Phys. 130 (2009) 195105. doi:10.1063/1.3132705. ），這是類(lèi)似二維邊界條件的一種方式，但在NAMD中運(yùn)行時(shí)，除了固定的膜外，水分子與鹽離子總是會(huì)跑到一起去，請(qǐng)問(wèn)是我構(gòu)建模型的問(wèn)題嗎？具體在VMD中真空層（vacuum salb）應(yīng)該如何設(shè)置呢？ 請(qǐng)高手指教了！！ P.S. 真空層的厚度設(shè)置為15埃左右。 無(wú)標(biāo)題.png |
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fhh2626
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2樓2014-10-27 23:03:17
po390
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那請(qǐng)問(wèn)在NAMD中具體應(yīng)該如何操作呢？我試過(guò)用tclbc給鹽水施加壓力，沒(méi)有效果。 關(guān)掉控壓，采用NVT系綜的話，只要注釋掉下方這些語(yǔ)句可以嗎？ useGroupPressure yes ;# needed for 2fs steps useFlexibleCell no ;# no for water box, yes for membrane useConstantArea no ;# no for water box, yes for membrane langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 1000.0 langevinPistonDecay 500.0 langevinPistonTemp $temperature |
3樓2014-10-28 00:12:12
weili201
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4樓2014-10-28 20:05:04
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5樓2016-12-20 12:00:40
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