 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1603 | 回復(fù): 4 | ||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
po390金蟲 (小有名氣)
|
[求助]
NAMD/VMD 構(gòu)建真空層 已有1人參與
|
|
|
目前，我用VMD/NAMD構(gòu)建一個納米水通道模型，水通道的上下，構(gòu)建鹽水層和清水層，構(gòu)建的方式采用的是圖中b的方式（圖片來源： F.E. Herrera, S. Pantano, Salt induced asymmetry in membrane simulations by partial restriction of ionic motion, J. Chem. Phys. 130 (2009) 195105. doi:10.1063/1.3132705. ），這是類似二維邊界條件的一種方式，但在NAMD中運行時，除了固定的膜外，水分子與鹽離子總是會跑到一起去，請問是我構(gòu)建模型的問題嗎？具體在VMD中真空層（vacuum salb）應(yīng)該如何設(shè)置呢？ 請高手指教了！！ P.S. 真空層的厚度設(shè)置為15埃左右。 無標題.png |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
工科材料085601 279求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
【考研調(diào)劑】化學(xué)專業(yè) 281分，一志愿四川大學(xué)，誠心求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿南昌大學(xué)，327分，材料與化工085600
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑
已經(jīng)有14人回復(fù)
-
材料學(xué)碩297已過四六級求調(diào)劑推薦
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
材料080500調(diào)劑求收留
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
296求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿武漢理工材料工程專碩調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
295復(fù)試調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿 南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 分子動力學(xué)模擬時如何利用周期性邊界條件？？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】NAMD和VMD聯(lián)用如何產(chǎn)生ligand的topology和parameter文件
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【專家會診】bay 討論namd,gmx處理水溶液,蛋白等MD 模擬;討論水及水通道
已經(jīng)有50人回復(fù)
- 【求助】有人模擬過電泳嗎
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】水盒子問題
已經(jīng)有17人回復(fù)
- 【求助】namd和vmd就只能識別.pdb.psf.coor.vel等文件嗎
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【在線答疑】關(guān)于NAMD/VMD
已經(jīng)有210人回復(fù)
yj112358
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 82.4
- 散金: 16
- 帖子: 96
- 在線: 103.5小時
- 蟲號: 2837253
- 注冊: 2013-11-29
- 專業(yè): 膠體與界面化學(xué)
5樓2016-12-20 12:00:40
fhh2626
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 135 (高中生)
- 金幣: 2354.1
- 紅花: 7
- 帖子: 344
- 在線: 139小時
- 蟲號: 1475956
- 注冊: 2011-11-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
2樓2014-10-27 23:03:17
po390
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1411.5
- 散金: 20
- 帖子: 106
- 在線: 75.2小時
- 蟲號: 1442167
- 注冊: 2011-10-14
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
|
那請問在NAMD中具體應(yīng)該如何操作呢？我試過用tclbc給鹽水施加壓力，沒有效果。 關(guān)掉控壓，采用NVT系綜的話，只要注釋掉下方這些語句可以嗎？ useGroupPressure yes ;# needed for 2fs steps useFlexibleCell no ;# no for water box, yes for membrane useConstantArea no ;# no for water box, yes for membrane langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 1000.0 langevinPistonDecay 500.0 langevinPistonTemp $temperature |
3樓2014-10-28 00:12:12
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +6 | 梁梁校校 2026-03-17 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 286分人工智能專業(yè)請求調(diào)劑愿意跨考！ +3 | lemonzzn 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩318求調(diào)劑 +5 | February_Feb 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +10 | 妮妮ninicgb 2026-03-15 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +5 | 陽陽哇塞 2026-03-14 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +6 | 緒幸與子 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑，英語六級551，有科研經(jīng)歷 +4 | 生物工程調(diào)劑 2026-03-16 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 一志愿中海洋材料工程專碩330分求調(diào)劑 +7 | 小材化本科 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿天大材料與化工（085600）總分338 +5 | 蔡大美女 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 280求調(diào)劑 +6 | 咕嚕曉曉 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +4 | 睿08 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)071000 329分求調(diào)劑 +3 | 我愛生物生物愛?/a> 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程調(diào)劑 +8 | 大可digkids 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[基金申請] 被我言中：新模板不強調(diào)格式了，假專家開始管格式了 +4 | beefly 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 考研化學(xué)學(xué)碩調(diào)劑，一志愿985 +4 | 張vvvv 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +4 | 小賈同學(xué)123 2026-03-15 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +3 | 劉夢微 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求老師收留調(diào)劑 +4 | jiang姜66 2026-03-14 | 5/250 |
|