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[交流] VMD由于周期性邊界造成的顯示問題已有3人參與

如圖，VMD讀取LAMMPS的DUMP文件，上面的分子跑到下面，鍵會連起來顯得非�；靵y，請問如何解決呢？
謝謝

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1樓 2014-10-28 12:28:35

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drawing method修改一下應該就可以，比如用dynamic bond

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2樓2014-10-29 08:38:26

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2樓: Originally posted by 飛利白 at 2014-10-29 08:38:26
drawing method修改一下應該就可以，比如用dynamic bond

是的，非常感謝！
另外想請教下vmd的計算徑向分布函數(shù)g(r)其中一些參數(shù)設置不清楚，
selection什么的，能解釋下么，網(wǎng)上教程都查不到講解rdf的

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3樓2014-10-29 10:37:48

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3樓: Originally posted by Luv_XiaoMian at 2014-10-29 10:37:48
是的，非常感謝！
另外想請教下vmd的計算徑向分布函數(shù)g(r)其中一些參數(shù)設置不清楚，
selection什么的，能解釋下么，網(wǎng)上教程都查不到講解rdf的...

用VMD計算徑向分布函數(shù)g(r)，我只是用來看構(gòu)型圖，對VMD其實不是很熟悉，徑向分布函數(shù)g(r)一般都是用其他的程序做的

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4樓2014-10-30 08:49:29

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引用回帖:

4樓: Originally posted by 飛利白 at 2014-10-30 08:49:29
用VMD計算徑向分布函數(shù)g(r)，我只是用來看構(gòu)型圖，對VMD其實不是很熟悉，徑向分布函數(shù)g(r)一般都是用其他的程序做的...

哦好的，謝謝了

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5樓2014-10-30 11:06:57

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如果你知道晶胞參數(shù)，x/y/z/alpha/beta/gamma，可以借助VMD內(nèi)置的pbctool工具箱，設置其邊界。
可直接在vmd控制臺或者Tk控制臺（Main menu->Extensions->Tk Console）中輸入以下命令：
pbc set {a b c alpha beta gamma} -all
pbc -unwrap
可以將此晶胞內(nèi)原子脫除周期性
pbc box -on
可顯示晶胞邊界

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6樓2014-10-31 00:14:24

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你好！樓主，請問曾經(jīng)的這個問題你得到解決了嗎，我現(xiàn)在也遇到這樣的情況了，求解答，謝謝了！��！

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7樓2019-01-07 16:50:36

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