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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » 求fortran編程小程序
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[求助]
求fortran編程小程序 已有1人參與
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| 我是做分子動力學模擬的，剛剛開始學習fortran還不怎么會編程，老師讓編寫靜電相互作用和范德華相互作用的小程序，求各位大俠幫幫忙！感激不盡！ |
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感謝參與，應助指數 +1
上官若軒: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 很詳細，謝謝幫助！ 2014-11-04 11:21:20
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如果只是簡單做一下，不去深究如何才能更準確的處理長程庫侖力的話，你可以這樣來做 (1) 推導出靜電相互作用和范德華相互作用的力的表達式 這一部分可以參考我的課程講義： http://kczx.suda.edu.cn/mdmc.html lectures>Lecture_slides>3.pdf (2) 如果你有一定的Fortran編程基礎，可以直接到第三步，不然可以參考我在課程網站 Outreach 版塊提供的Fortran教程。 (3) 我在教學網站的Hands-on版塊提供了一個很基本的分子動力學模擬Lennard-JOnes粒子的程序（lj_nve.f90），可以供你參考，在此基礎上，你需要加上靜電力，另外如果體系較大的話，你可能還需要添加Neighbour list等加快計算力的技巧。 (4) 如果靜電力的處理只是簡單的用一個大的cutoff distance, 那編程的難度和處理LJ勢差不多，如果要需要采用更合理的算法，如Ewald Summation， PPPM等，那你需要去學習相關知識 。 (5) 如果你需要添加neighbour list, 你可以參考Frenkel 和Smit的 "understanding Molecular Simulation"的Appendix F， 這個時候計算力的模塊自然也需要相應改變。 另外， Furio Ercolessi在他的網站上提供了一些MD的 F90程序，也可以供你參考 ： http://www.fisica.uniud.it/~ercolessi/md/f90/ |
2樓2014-10-31 09:33:19
戴世杰
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3樓2014-11-02 09:48:27
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