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上官若軒新蟲 (初入文壇)
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[求助]
求fortran編程小程序 已有1人參與
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| 我是做分子動(dòng)力學(xué)模擬的，剛剛開始學(xué)習(xí)fortran還不怎么會(huì)編程，老師讓編寫靜電相互作用和范德華相互作用的小程序，求各位大俠幫幫忙！感激不盡！ |
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ktwyw
木蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
上官若軒: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 很詳細(xì)，謝謝幫助！ 2014-11-04 11:21:20
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上官若軒: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 很詳細(xì)，謝謝幫助！ 2014-11-04 11:21:20
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如果只是簡(jiǎn)單做一下，不去深究如何才能更準(zhǔn)確的處理長(zhǎng)程庫(kù)侖力的話，你可以這樣來(lái)做 (1) 推導(dǎo)出靜電相互作用和范德華相互作用的力的表達(dá)式 這一部分可以參考我的課程講義： http://kczx.suda.edu.cn/mdmc.html lectures>Lecture_slides>3.pdf (2) 如果你有一定的Fortran編程基礎(chǔ)，可以直接到第三步，不然可以參考我在課程網(wǎng)站 Outreach 版塊提供的Fortran教程。 (3) 我在教學(xué)網(wǎng)站的Hands-on版塊提供了一個(gè)很基本的分子動(dòng)力學(xué)模擬Lennard-JOnes粒子的程序（lj_nve.f90），可以供你參考，在此基礎(chǔ)上，你需要加上靜電力，另外如果體系較大的話，你可能還需要添加Neighbour list等加快計(jì)算力的技巧。 (4) 如果靜電力的處理只是簡(jiǎn)單的用一個(gè)大的cutoff distance, 那編程的難度和處理LJ勢(shì)差不多，如果要需要采用更合理的算法，如Ewald Summation， PPPM等，那你需要去學(xué)習(xí)相關(guān)知識(shí) 。 (5) 如果你需要添加neighbour list, 你可以參考Frenkel 和Smit的 "understanding Molecular Simulation"的Appendix F， 這個(gè)時(shí)候計(jì)算力的模塊自然也需要相應(yīng)改變。 另外， Furio Ercolessi在他的網(wǎng)站上提供了一些MD的 F90程序，也可以供你參考 ： http://www.fisica.uniud.it/~ercolessi/md/f90/ |
2樓2014-10-31 09:33:19
戴世杰
木蟲 (著名寫手)
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3樓2014-11-02 09:48:27
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