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mashuyan13新蟲 (小有名氣)
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[求助]
細(xì)菌進(jìn)化樹構(gòu)建 已有3人參與
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| 向大神們求助，做16S菌種鑒定，得到了自己的16S序列，構(gòu)建進(jìn)化樹的時(shí)候，需要下載相似性的序列，應(yīng)該下載相似性大于多少的序列的核酸序列呢？ |
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korchagin
木蟲 (小有名氣)
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3樓2014-11-03 08:45:43
dllchina
木蟲 (著名寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
laozuzunzhe: 金幣+3, good！ 2014-11-03 15:47:45
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
laozuzunzhe: 金幣+3, good！ 2014-11-03 15:47:45
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一般來(lái)說(shuō)看比對(duì)出來(lái)的結(jié)果而定，如果前十個(gè)都是一個(gè)屬，那說(shuō)明是種一級(jí)的差別，調(diào)取這個(gè)屬的全部序列就好。 如果多個(gè)屬，則調(diào)取多個(gè)屬的序列，相似度的話，一般我們看16S克隆全長(zhǎng)來(lái)比對(duì)，97%初步可以判斷為新種，但不絕對(duì)，不同的類群相似度差別不一樣。 |
2樓2014-11-02 23:13:05
mashuyan13
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4樓2014-11-07 13:02:13
mashuyan13
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5樓2014-11-07 13:03:54
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