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zuihouyizhan金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
細(xì)菌屬種鑒定問(wèn)題
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| 想請(qǐng)教大家一下，通過(guò)16sDNA片段的擴(kuò)增，測(cè)序比對(duì)能精確到種嗎？之前一直認(rèn)為是可以的，所以用這種方法鑒定菌株幾個(gè)月了，可近期發(fā)現(xiàn)，序列相似度很高的菌株，菌落形態(tài)差好多，不知是我操作問(wèn)題還是這種鑒定16s鑒定菌種的方法不可靠，求專(zhuān)家指點(diǎn) |
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zuihouyizhan
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3樓2013-06-19 11:11:30
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zuihouyizhan: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-06-19 11:13:40
| 我也遇到相同的問(wèn)題，兩種菌落形態(tài)相差很大的菌，blast結(jié)果居然是同種！我嘗試使用過(guò)不同基因序列庫(kù)進(jìn)行檢索，結(jié)果也不相同。詢(xún)問(wèn)專(zhuān)家意見(jiàn)是要結(jié)合生化反應(yīng)與血清學(xué)鑒定，blast理論上能精確到亞種，但其序列都是開(kāi)放性的，不一定都是已發(fā)表的序列，可信度不是最高。而且實(shí)驗(yàn)時(shí)有可能存在片段交叉污染，比如DNA的氣溶膠也有可能會(huì)對(duì)PCR產(chǎn)生一定影響的。 |
2樓2013-06-18 20:40:29
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6樓2013-06-20 10:39:26
zuihouyizhan
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7樓2013-06-20 10:41:12
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8樓2013-06-21 09:51:06
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| 跟你的菌相似度最高的菌株都是以發(fā)表的標(biāo)準(zhǔn)菌株嗎？如果不是的，就像樓下所說(shuō)的，可信度不高。而且下面的同仁說(shuō)得對(duì)，要發(fā)表必須要克隆測(cè)序，才能得到盡可能長(zhǎng)的準(zhǔn)確的序列。 |
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zuihouyizhan9樓2013-06-21 10:18:11
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10樓2013-06-23 09:28:16
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