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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 微生物 » 實驗/技術 » 細菌屬種鑒定問題
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zuihouyizhan金蟲 (小有名氣)
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[求助]
細菌屬種鑒定問題
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| 想請教大家一下，通過16sDNA片段的擴增，測序比對能精確到種嗎？之前一直認為是可以的，所以用這種方法鑒定菌株幾個月了，可近期發(fā)現(xiàn)，序列相似度很高的菌株，菌落形態(tài)差好多，不知是我操作問題還是這種鑒定16s鑒定菌種的方法不可靠，求專家指點 |
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5樓2013-06-20 09:01:03
qiaolinkun
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zuihouyizhan: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-06-19 11:13:40
| 我也遇到相同的問題，兩種菌落形態(tài)相差很大的菌，blast結果居然是同種！我嘗試使用過不同基因序列庫進行檢索，結果也不相同。詢問專家意見是要結合生化反應與血清學鑒定，blast理論上能精確到亞種，但其序列都是開放性的，不一定都是已發(fā)表的序列，可信度不是最高。而且實驗時有可能存在片段交叉污染，比如DNA的氣溶膠也有可能會對PCR產(chǎn)生一定影響的。 |
2樓2013-06-18 20:40:29
zuihouyizhan
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3樓2013-06-19 11:11:30
2981249
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4樓2013-06-19 23:06:29
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