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淼123新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
PCA和OPLS的區(qū)別在哪里 已有3人參與
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| 請(qǐng)問(wèn)PCA，OPLS的目的區(qū)別在哪里？我看了相關(guān)的文獻(xiàn)，是代謝組學(xué)方面的，研究某一藥物對(duì)代謝的影響，把數(shù)據(jù)先用PCA處理后，選出outlier 再用OPLS分析，但我看覺(jué)得好像只用PCA也能找出代謝水平上發(fā)生改變的代謝物，OPLS 不能找出outlier么？ 說(shuō)PCA是unsupervised, OPLS是supervised,可是做PCA的時(shí)候我也是知道我的組別的啊，為什么說(shuō)PCA不知道組的信息 懇請(qǐng)高手指教！謝謝。 |
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淼123
新蟲(chóng) (初入文壇)
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2樓2014-11-08 17:55:36
lineone8
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3樓2014-11-25 00:40:50
yaoyao8239
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【答案】應(yīng)助回帖
| 對(duì)同樣的樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行處理PCA的方法會(huì)突出所有樣本中的特異樣本，而PLS-DA和OPLS-DA則側(cè)重于分組和對(duì)組間差異的樣本分析。OPLS-DA是將正交信號(hào)校正方法(Orthogonal signal correction, OSC)與偏最小二乘法（Partial least squares, PLS）相互結(jié)合同時(shí)對(duì)偏最小二乘法進(jìn)行改進(jìn)[50]。OPLS是一種改進(jìn)的PLS方法，它利用正交信號(hào)矯正(OSC)的思想，濾除了自變量矩陣(X)中與量矩陣(Y)無(wú)關(guān)的信息，即隨機(jī)噪聲[51]。所以O(shè)PLS-DA可以更好地區(qū)分組間差異,提高模型的有效性和解析能力。采用有監(jiān)督的情況下模式識(shí)別分析方法能夠傾向于提取利于樣本分類(lèi)的變量信息，也在很大程度降低了系統(tǒng)噪聲的干擾，提高了分類(lèi)效能。 |
4樓2014-11-28 15:08:01
【答案】應(yīng)助回帖
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PCA和PLS-DA都是數(shù)據(jù)分析方法，可以用來(lái)分析任何定量數(shù)據(jù)。當(dāng)你有了大量的數(shù)據(jù)而不能用肉眼來(lái)分析的時(shí)候，就得用這些數(shù)據(jù)分析方法。因代謝組學(xué)中會(huì)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)，代謝組學(xué)基本就是兩個(gè)方面-測(cè)數(shù)據(jù)，分析數(shù)據(jù)。因此，代謝組學(xué)中會(huì)經(jīng)常使用PCA 和PLS-DA的，當(dāng)然也有其他的數(shù)據(jù)分析方法，都是數(shù)學(xué)分析方法不同而已。 數(shù)據(jù)分析方法的用途很多，比如根據(jù)數(shù)據(jù)分析，會(huì)區(qū)分不同屬的樣本，還可以找出是何種成分導(dǎo)致這種樣本的區(qū)分。 PCA是在分析前計(jì)算機(jī)不知道組別（當(dāng)然你是知道的），然后讓軟件來(lái)分析。PLS-DA是在分析前告訴計(jì)算機(jī)各個(gè)樣本的組別，因此計(jì)算機(jī)是知道組別的。因此，這兩種方法當(dāng)然是PCA更厲害些，所以，最好先做PCA再做PLS-DA。但通常，PLS-DA的圖樣會(huì)更好看點(diǎn)。 介紹本書(shū)《multi-and megavariate data analysis》Umetrics |
5樓2014-12-01 15:59:15
yun云飛fei
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6樓2019-12-08 22:00:43
yun云飛fei
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7樓2019-12-08 22:02:10
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