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[求助]
PCA和OPLS的區(qū)別在哪里 已有3人參與
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| 請問PCA，OPLS的目的區(qū)別在哪里？我看了相關(guān)的文獻，是代謝組學方面的，研究某一藥物對代謝的影響，把數(shù)據(jù)先用PCA處理后，選出outlier 再用OPLS分析，但我看覺得好像只用PCA也能找出代謝水平上發(fā)生改變的代謝物，OPLS 不能找出outlier么？ 說PCA是unsupervised, OPLS是supervised,可是做PCA的時候我也是知道我的組別的啊，為什么說PCA不知道組的信息 懇請高手指教！謝謝。 |
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2樓2014-11-08 17:55:36
3樓2014-11-25 00:40:50
yaoyao8239
木蟲 (小有名氣)
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【答案】應助回帖
| 對同樣的樣本數(shù)據(jù)進行處理PCA的方法會突出所有樣本中的特異樣本，而PLS-DA和OPLS-DA則側(cè)重于分組和對組間差異的樣本分析。OPLS-DA是將正交信號校正方法(Orthogonal signal correction, OSC)與偏最小二乘法（Partial least squares, PLS）相互結(jié)合同時對偏最小二乘法進行改進[50]。OPLS是一種改進的PLS方法，它利用正交信號矯正(OSC)的思想，濾除了自變量矩陣(X)中與量矩陣(Y)無關(guān)的信息，即隨機噪聲[51]。所以OPLS-DA可以更好地區(qū)分組間差異,提高模型的有效性和解析能力。采用有監(jiān)督的情況下模式識別分析方法能夠傾向于提取利于樣本分類的變量信息，也在很大程度降低了系統(tǒng)噪聲的干擾，提高了分類效能。 |
4樓2014-11-28 15:08:01
【答案】應助回帖
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PCA和PLS-DA都是數(shù)據(jù)分析方法，可以用來分析任何定量數(shù)據(jù)。當你有了大量的數(shù)據(jù)而不能用肉眼來分析的時候，就得用這些數(shù)據(jù)分析方法。因代謝組學中會產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)，代謝組學基本就是兩個方面-測數(shù)據(jù)，分析數(shù)據(jù)。因此，代謝組學中會經(jīng)常使用PCA 和PLS-DA的，當然也有其他的數(shù)據(jù)分析方法，都是數(shù)學分析方法不同而已。 數(shù)據(jù)分析方法的用途很多，比如根據(jù)數(shù)據(jù)分析，會區(qū)分不同屬的樣本，還可以找出是何種成分導致這種樣本的區(qū)分。 PCA是在分析前計算機不知道組別（當然你是知道的），然后讓軟件來分析。PLS-DA是在分析前告訴計算機各個樣本的組別，因此計算機是知道組別的。因此，這兩種方法當然是PCA更厲害些，所以，最好先做PCA再做PLS-DA。但通常，PLS-DA的圖樣會更好看點。 介紹本書《multi-and megavariate data analysis》Umetrics |
5樓2014-12-01 15:59:15
yun云飛fei
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6樓2019-12-08 22:00:43
yun云飛fei
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7樓2019-12-08 22:02:10
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