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xmcc2014

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[求助] 從酶的氨基酸序列查找編碼它的核苷酸序列的注冊(cè)號(hào)（Accession No.) 已有2人參與

我在NCBI上找到了一個(gè)細(xì)菌體內(nèi)的雙加氧酶的氨基酸序列，現(xiàn)在需要根據(jù)這個(gè)氨基酸序列查找到編碼它的核苷酸序列的注冊(cè)號(hào)（Accession No.),希望知道的蟲(chóng)友幫幫忙，這個(gè)怎么做？本人不是生物專(zhuān)業(yè)的，希望可以說(shuō)的具體一些！非常感謝！

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如何向NCBI提交序列【已搜無(wú)重復(fù)】已經(jīng)有92人回復(fù)

1樓 2014-11-07 18:16:41

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xmcc2014

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5樓: Originally posted by liuderong at 2014-11-07 22:17:11
原核生物的基因是沒(méi)有內(nèi)含子的，blast之后找到起始密碼子和終止密碼子，中間這段就是基因序列，復(fù)制出來(lái)就好。細(xì)菌基因組不大，數(shù)據(jù)庫(kù)一般都是整條染色體保存的，查詢(xún)者僅需截取需要的那一段，其他的可以不管。...

非常感謝！

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7樓2014-11-10 09:33:03

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xmcc2014: 金幣+2 2014-11-08 19:04:50

最簡(jiǎn)單的方法是做tblastn比對(duì)，打開(kāi)網(wǎng)頁(yè)http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome，在頁(yè)面上面的輸入框里填入氨基酸序列（必須是用單字母表示的形式），點(diǎn)擊下方的BLAST按鈕，等待輸出結(jié)果后，看第一條命中的記錄的登錄號(hào)應(yīng)該就是你的蛋白質(zhì)序列對(duì)應(yīng)的核酸序列。還看不懂的話(huà)，直接把你蛋白序列貼上來(lái)吧。

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2樓2014-11-07 19:11:14

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引用回帖:

2樓: Originally posted by stone2239 at 2014-11-07 19:11:14
最簡(jiǎn)單的方法是做tblastn比對(duì)，打開(kāi)網(wǎng)頁(yè)http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome，在頁(yè)面上面的輸入框里填入氨基酸序列（必須是用單字母表示的 ...

非常感謝您的幫助，按照上述方法找到一個(gè)相似性100% 的：Rhodococcus erythropolis PR4 DNA, complete genome AP008957.1，這個(gè)是正確的
但是我有點(diǎn)不明白的地方，細(xì)菌體內(nèi)的這個(gè)酶只是細(xì)菌整個(gè)蛋白構(gòu)架的一部分，應(yīng)該是由整個(gè)基因組中的一部分基因編碼的，現(xiàn)在搜出來(lái)的是整個(gè)基因組，有辦法找出具體是哪一段基因編碼的嗎？

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3樓2014-11-07 21:15:48

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引用回帖:

3樓: Originally posted by xmcc2014 at 2014-11-07 21:15:48
非常感謝您的幫助，按照上述方法找到一個(gè)相似性100% 的：Rhodococcus erythropolis PR4 DNA, complete genome AP008957.1，這個(gè)是正確的
但是我有點(diǎn)不明白的地方，細(xì)菌體內(nèi)的這個(gè)酶只是細(xì)菌整個(gè)蛋白構(gòu)架的一部分， ...

那就繼續(xù)看100%下面的其他結(jié)果，應(yīng)該還有100%的，短的序列或mRNA序列。

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4樓2014-11-07 21:17:56

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