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Slotus5389木蟲(chóng) (正式寫手)
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[求助]
請(qǐng)問(wèn) 下面的化學(xué)結(jié)構(gòu) 電子云 模擬圖 是什么軟件？什么模塊做的？ 謝謝 已有1人參與
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2樓2014-11-19 19:56:37
Slotus5389
木蟲(chóng) (正式寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
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- 在線: 104小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 639918
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- 專業(yè): 中藥學(xué)其他科學(xué)問(wèn)題
3樓2014-11-24 11:38:11
趙紅霞
鐵桿木蟲(chóng) (著名寫手)
- 應(yīng)助: 73 (初中生)
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- 性別: MM
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
Slotus5389: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-11-25 10:26:30
Slotus5389: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-11-25 10:26:30
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既然樓主不喜歡百度，那我代勞了 簡(jiǎn)介：專門作密度泛函計(jì)算的軟件。現(xiàn)在的版本是ADF2004.01，ADF基于密度泛函理論(DFT)，主要應(yīng)用于量子化學(xué)計(jì)算。廣泛應(yīng)用于醫(yī)藥化學(xué)，材料學(xué)等研究及應(yīng)用領(lǐng)域。特別應(yīng)用于同類和異類催化，無(wú)機(jī)化學(xué)，重元素化學(xué)，生物化學(xué)及多種光譜學(xué)。包括分子ADF程序，周期結(jié)構(gòu)程序BAND(專門用于計(jì)算周期性體系(晶體，聚合物等))和圖形用戶界面程序GUI。 ADF: 功能概要：可應(yīng)用于獨(dú)立的分子，聚合物，膠塊，固體，以及溶劑中和蛋白質(zhì)環(huán)境中的分子。可處理周期表中所有的元素并包含處理重原子核的藝術(shù)級(jí)的相對(duì)論法（ZORA和自選軌道耦合）。ADF特別適用于過(guò)渡金屬化合物。化學(xué)分析方法包括鍵能降解，碎片軌道和電荷降解。QM/MM工具可處理含有上萬(wàn)分子的蛋白質(zhì)環(huán)境。ADF還包括最新的meta-GGA交換-相關(guān)函數(shù)和全系列標(biāo)準(zhǔn)函數(shù)。 功能總結(jié)： 1． 幾何優(yōu)化，過(guò)渡態(tài)，反應(yīng)路徑及紅外頻率的表征及計(jì)算 2． 分子性能測(cè)試的分析與表征。 3． 模擬溶劑，蛋白質(zhì)及其它物化環(huán)境。 4． 強(qiáng)大的圖形用戶界面 5． 利用BAND進(jìn)行聚合物，異類催化劑及大量結(jié)晶的研究 分析方法： 1． 利用碎片軌道結(jié)合生成最終分子軌道。 2． 鍵能分析。 3． 高級(jí)電荷密度分析 4． 利用分子對(duì)稱性 5． 利用第三方分析軟件 單點(diǎn)計(jì)算，幾何優(yōu)化，過(guò)渡態(tài)，頻率和熱動(dòng)力學(xué)特性，跟蹤反應(yīng)路徑，理論預(yù)測(cè)化學(xué)催化過(guò)程，計(jì)算任意電子組態(tài)，激發(fā)能和（超）極化率，使用含時(shí)密度泛函(TDDFT)理論（于1999年2002年分別加入到ADF模塊和BAND模塊中），NMR化學(xué)位移，激發(fā)能，超極化率，范德瓦爾斯系數(shù)，用QM/MM (量子力學(xué)/分子力學(xué))混合近似處理大體系環(huán)境。ADF使用的全部是Slater型基組，不同于大多數(shù)量化軟件使用的高斯基組。 2002版的基組庫(kù)包含了Z=1-118號(hào)所有元素，而且對(duì)常見(jiàn)元素有不同尺寸的基組，從最小的到高質(zhì)量的，并且對(duì)在ZORA近似中的相對(duì)論計(jì)算和需要附加彌散基函數(shù)的響應(yīng)計(jì)算提供了特殊的基組。 模型哈密頓量 --選擇一種密度泛函，局域密度近似（LDA）和廣義梯度近似（GGA）。LDA包括Xonly，Xalpha，VWN和Stoll修正的VWN；GGA包括Pw91，Blyp，Lb94，以及2002版加入的PBE，RPBE，revPBE等。2002版新加入GRAC和SAOP交換相關(guān)勢(shì)，能夠改善LB94和BP的結(jié)果。最近流行的Meta-GGA交換相關(guān)泛函進(jìn)行post-SCF處理能夠獲得標(biāo)準(zhǔn)G2計(jì)算的精度，也加入到2002版中。 --自旋：限制或非限制 --相對(duì)論效應(yīng)：標(biāo)量近似和自旋軌道（雙群對(duì)稱性），使用ZORA（推薦）或泡利原理（以前使用）。 --環(huán)境：溶劑影響，均勻電場(chǎng)，點(diǎn)電荷（Madelung場(chǎng)），QM/MM方法 分析 --在化學(xué)組成(空間相互作用、泡利排斥、軌道相互作用......)中鍵能的分解。 --數(shù)據(jù)的表示（分子軌道系數(shù)、穆里肯布居）， 按照分子中化學(xué)片段的組成以及傳統(tǒng)的元素基函數(shù)表示。 --原子的電荷由Hirshfeld分析與Voronoi分析，以及經(jīng)典穆里肯布居決定。 --功能強(qiáng)大的的圖形用戶界面ADF input，只用鼠標(biāo)就能設(shè)置ADF非常復(fù)雜的計(jì)算，還可以顯示分子。需要單獨(dú)購(gòu)買。 ADF 2004.01的新功能： 1. 改善了格點(diǎn)生成程序，更利于幾何優(yōu)化的收斂。某些在ADF 2003中很難收斂的幾何優(yōu)化計(jì)算，現(xiàn)在在十次迭代之內(nèi)即可收斂。 2. TDDFT計(jì)算手性光學(xué)特性：圓二色性和旋光色散。新的方法實(shí)現(xiàn)了并行化，可以很簡(jiǎn)單地處理大分子。 3. Meta-GGA和混合交換-相關(guān)泛函（如B3LYP）。 4. 幾何優(yōu)化加入新的Hessian更新和坐標(biāo)限制方法。 5. 到NBO 5.0的接口（需單獨(dú)購(gòu)買，僅提供給NBO用戶）。 6. 默認(rèn)的非限制計(jì)算打印S2的期待值，用于檢查自旋污染。 7. 程序加速：更快的解析二階導(dǎo)數(shù)；并行化的NMR和CPL（用于計(jì)算NMR自旋-自旋耦合常數(shù)）程序；Fock矩陣計(jì)算加速；BAND的TDDFT程序。 8. ADF-GUI新增模塊：ADF spectra從TAPE21的信息顯示不同類型的光譜：DOS，紅外，以及光學(xué)光譜；ADF movie顯示振動(dòng)過(guò)程中的核移動(dòng)，監(jiān)視幾何優(yōu)化的進(jìn)程。 ADF 2005的新功能： 1. ADF-GUI支持OpenGL，增加了顯示Raman和CD光譜的功能。 2. Discrete Reaction Field environment model。 3. 基于QM/MM的離散溶劑反應(yīng)場(chǎng)(DRF)模型。 4. Nalewajski-Mrozek鍵級(jí)分析。 5. TDDFT支持開(kāi)殼層分子的激發(fā)能計(jì)算和核電子激發(fā)的計(jì)算，包括自旋反轉(zhuǎn)激發(fā)。還可以用含時(shí)流密度泛函理論(TDCDFT)計(jì)算激發(fā)能。 6. 幾何優(yōu)化加入線性標(biāo)度技術(shù)。 7. 幾何優(yōu)化和過(guò)渡態(tài)搜索使用非定域化坐標(biāo)，適于大體系和松弛體系。 8. 用Nudged Elastic Band (NEB)方法搜索過(guò)渡態(tài)。 9. 頻率計(jì)算使用對(duì)稱位移方法，可以只計(jì)算IR-可見(jiàn)頻率。 10.新的交換關(guān)聯(lián)勢(shì)：XC勢(shì)和能量包括KT1，KT2，XLYP；XC能量泛函包括OPBE0和X3LYP。 11.ZORA TZ2P+基組增加了對(duì)57-70號(hào)元素的支持。 12.對(duì)于H-Kr元素，對(duì)非相對(duì)論的SZ，DZ，DZP，TZP，TZ2P基組增加了彌散函數(shù)，用于TDDFT的激發(fā)能計(jì)算。 13.LDA勢(shì)的解析二階導(dǎo)數(shù)。 14.產(chǎn)生PDB文件。 15.更新了物理常數(shù)。 ADF 2005的新功能： 1. ADF-GUI支持OpenGL，增加了顯示Raman和CD光譜的功能。 2. Discrete Reaction Field environment model。 3. 基于QM/MM的離散溶劑反應(yīng)場(chǎng)(DRF)模型。 4. Nalewajski-Mrozek鍵級(jí)分析。 5. TDDFT支持開(kāi)殼層分子的激發(fā)能計(jì)算和核電子激發(fā)的計(jì)算，包括自旋反轉(zhuǎn)激發(fā)。還可以用含時(shí)流密度泛函理論(TDCDFT)計(jì)算激發(fā)能。 6. 幾何優(yōu)化加入線性標(biāo)度技術(shù)。 7. 幾何優(yōu)化和過(guò)渡態(tài)搜索使用非定域化坐標(biāo)，適于大體系和松弛體系。 8. 用Nudged Elastic Band (NEB)方法搜索過(guò)渡態(tài)。 9. 頻率計(jì)算使用對(duì)稱位移方法，可以只計(jì)算IR-可見(jiàn)頻率。 10.新的交換關(guān)聯(lián)勢(shì)：XC勢(shì)和能量包括KT1，KT2，XLYP；XC能量泛函包括OPBE0和X3LYP。 11.ZORA TZ2P+基組增加了對(duì)57-70號(hào)元素的支持。 12.對(duì)于H-Kr元素，對(duì)非相對(duì)論的SZ，DZ，DZP，TZP，TZ2P基組增加了彌散函數(shù)，用于TDDFT的激發(fā)能計(jì)算。 13.LDA勢(shì)的解析二階導(dǎo)數(shù)。 14.產(chǎn)生PDB文件。 15.更新了物理常數(shù)。 平臺(tái)：Compaq Alpha，HP，NEC IA64，IBM，SGI，PC linux (Pentium III, Pentium IV, Athlons)，Macintosh OS X，MS Windows。 |
4樓2014-11-24 16:31:52
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