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Slotus5389木蟲 (正式寫手)
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[求助]
請問 下面的化學(xué)結(jié)構(gòu) 電子云 模擬圖 是什么軟件？什么模塊做的？ 謝謝 已有1人參與
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謝謝！如題 4314324.jpg |
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Slotus5389
木蟲 (正式寫手)
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3樓2014-11-24 11:38:11
趙紅霞
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【答案】應(yīng)助回帖
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Slotus5389: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-11-25 10:26:30
Slotus5389: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-11-25 10:26:30
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既然樓主不喜歡百度，那我代勞了 簡介：專門作密度泛函計算的軟件�，F(xiàn)在的版本是ADF2004.01，ADF基于密度泛函理論(DFT)，主要應(yīng)用于量子化學(xué)計算。廣泛應(yīng)用于醫(yī)藥化學(xué)，材料學(xué)等研究及應(yīng)用領(lǐng)域。特別應(yīng)用于同類和異類催化，無機化學(xué)，重元素化學(xué)，生物化學(xué)及多種光譜學(xué)。包括分子ADF程序，周期結(jié)構(gòu)程序BAND(專門用于計算周期性體系(晶體，聚合物等))和圖形用戶界面程序GUI。 ADF: 功能概要：可應(yīng)用于獨立的分子，聚合物，膠塊，固體，以及溶劑中和蛋白質(zhì)環(huán)境中的分子�？商幚碇芷诒碇兴械脑夭幚碇卦雍说乃囆g(shù)級的相對論法（ZORA和自選軌道耦合）。ADF特別適用于過渡金屬化合物�；瘜W(xué)分析方法包括鍵能降解，碎片軌道和電荷降解。QM/MM工具可處理含有上萬分子的蛋白質(zhì)環(huán)境。ADF還包括最新的meta-GGA交換-相關(guān)函數(shù)和全系列標準函數(shù)。 功能總結(jié)： 1． 幾何優(yōu)化，過渡態(tài)，反應(yīng)路徑及紅外頻率的表征及計算 2． 分子性能測試的分析與表征。 3． 模擬溶劑，蛋白質(zhì)及其它物化環(huán)境。 4． 強大的圖形用戶界面 5． 利用BAND進行聚合物，異類催化劑及大量結(jié)晶的研究 分析方法： 1． 利用碎片軌道結(jié)合生成最終分子軌道。 2． 鍵能分析。 3． 高級電荷密度分析 4． 利用分子對稱性 5． 利用第三方分析軟件 單點計算，幾何優(yōu)化，過渡態(tài)，頻率和熱動力學(xué)特性，跟蹤反應(yīng)路徑，理論預(yù)測化學(xué)催化過程，計算任意電子組態(tài)，激發(fā)能和（超）極化率，使用含時密度泛函(TDDFT)理論（于1999年2002年分別加入到ADF模塊和BAND模塊中），NMR化學(xué)位移，激發(fā)能，超極化率，范德瓦爾斯系數(shù)，用QM/MM (量子力學(xué)/分子力學(xué))混合近似處理大體系環(huán)境。ADF使用的全部是Slater型基組，不同于大多數(shù)量化軟件使用的高斯基組。 2002版的基組庫包含了Z=1-118號所有元素，而且對常見元素有不同尺寸的基組，從最小的到高質(zhì)量的，并且對在ZORA近似中的相對論計算和需要附加彌散基函數(shù)的響應(yīng)計算提供了特殊的基組。 模型哈密頓量 --選擇一種密度泛函，局域密度近似（LDA）和廣義梯度近似（GGA）。LDA包括Xonly，Xalpha，VWN和Stoll修正的VWN；GGA包括Pw91，Blyp，Lb94，以及2002版加入的PBE，RPBE，revPBE等。2002版新加入GRAC和SAOP交換相關(guān)勢，能夠改善LB94和BP的結(jié)果。最近流行的Meta-GGA交換相關(guān)泛函進行post-SCF處理能夠獲得標準G2計算的精度，也加入到2002版中。 --自旋：限制或非限制 --相對論效應(yīng)：標量近似和自旋軌道（雙群對稱性），使用ZORA（推薦）或泡利原理（以前使用）。 --環(huán)境：溶劑影響，均勻電場，點電荷（Madelung場），QM/MM方法 分析 --在化學(xué)組成(空間相互作用、泡利排斥、軌道相互作用......)中鍵能的分解。 --數(shù)據(jù)的表示（分子軌道系數(shù)、穆里肯布居）， 按照分子中化學(xué)片段的組成以及傳統(tǒng)的元素基函數(shù)表示。 --原子的電荷由Hirshfeld分析與Voronoi分析，以及經(jīng)典穆里肯布居決定。 --功能強大的的圖形用戶界面ADF input，只用鼠標就能設(shè)置ADF非常復(fù)雜的計算，還可以顯示分子。需要單獨購買。 ADF 2004.01的新功能： 1. 改善了格點生成程序，更利于幾何優(yōu)化的收斂。某些在ADF 2003中很難收斂的幾何優(yōu)化計算，現(xiàn)在在十次迭代之內(nèi)即可收斂。 2. TDDFT計算手性光學(xué)特性：圓二色性和旋光色散。新的方法實現(xiàn)了并行化，可以很簡單地處理大分子。 3. Meta-GGA和混合交換-相關(guān)泛函（如B3LYP）。 4. 幾何優(yōu)化加入新的Hessian更新和坐標限制方法。 5. 到NBO 5.0的接口（需單獨購買，僅提供給NBO用戶）。 6. 默認的非限制計算打印S2的期待值，用于檢查自旋污染。 7. 程序加速：更快的解析二階導(dǎo)數(shù)；并行化的NMR和CPL（用于計算NMR自旋-自旋耦合常數(shù)）程序；Fock矩陣計算加速；BAND的TDDFT程序。 8. ADF-GUI新增模塊：ADF spectra從TAPE21的信息顯示不同類型的光譜：DOS，紅外，以及光學(xué)光譜；ADF movie顯示振動過程中的核移動，監(jiān)視幾何優(yōu)化的進程。 ADF 2005的新功能： 1. ADF-GUI支持OpenGL，增加了顯示Raman和CD光譜的功能。 2. Discrete Reaction Field environment model。 3. 基于QM/MM的離散溶劑反應(yīng)場(DRF)模型。 4. Nalewajski-Mrozek鍵級分析。 5. TDDFT支持開殼層分子的激發(fā)能計算和核電子激發(fā)的計算，包括自旋反轉(zhuǎn)激發(fā)。還可以用含時流密度泛函理論(TDCDFT)計算激發(fā)能。 6. 幾何優(yōu)化加入線性標度技術(shù)。 7. 幾何優(yōu)化和過渡態(tài)搜索使用非定域化坐標，適于大體系和松弛體系。 8. 用Nudged Elastic Band (NEB)方法搜索過渡態(tài)。 9. 頻率計算使用對稱位移方法，可以只計算IR-可見頻率。 10.新的交換關(guān)聯(lián)勢：XC勢和能量包括KT1，KT2，XLYP；XC能量泛函包括OPBE0和X3LYP。 11.ZORA TZ2P+基組增加了對57-70號元素的支持。 12.對于H-Kr元素，對非相對論的SZ，DZ，DZP，TZP，TZ2P基組增加了彌散函數(shù)，用于TDDFT的激發(fā)能計算。 13.LDA勢的解析二階導(dǎo)數(shù)。 14.產(chǎn)生PDB文件。 15.更新了物理常數(shù)。 ADF 2005的新功能： 1. ADF-GUI支持OpenGL，增加了顯示Raman和CD光譜的功能。 2. Discrete Reaction Field environment model。 3. 基于QM/MM的離散溶劑反應(yīng)場(DRF)模型。 4. Nalewajski-Mrozek鍵級分析。 5. TDDFT支持開殼層分子的激發(fā)能計算和核電子激發(fā)的計算，包括自旋反轉(zhuǎn)激發(fā)。還可以用含時流密度泛函理論(TDCDFT)計算激發(fā)能。 6. 幾何優(yōu)化加入線性標度技術(shù)。 7. 幾何優(yōu)化和過渡態(tài)搜索使用非定域化坐標，適于大體系和松弛體系。 8. 用Nudged Elastic Band (NEB)方法搜索過渡態(tài)。 9. 頻率計算使用對稱位移方法，可以只計算IR-可見頻率。 10.新的交換關(guān)聯(lián)勢：XC勢和能量包括KT1，KT2，XLYP；XC能量泛函包括OPBE0和X3LYP。 11.ZORA TZ2P+基組增加了對57-70號元素的支持。 12.對于H-Kr元素，對非相對論的SZ，DZ，DZP，TZP，TZ2P基組增加了彌散函數(shù)，用于TDDFT的激發(fā)能計算。 13.LDA勢的解析二階導(dǎo)數(shù)。 14.產(chǎn)生PDB文件。 15.更新了物理常數(shù)。 平臺：Compaq Alpha，HP，NEC IA64，IBM，SGI，PC linux (Pentium III, Pentium IV, Athlons)，Macintosh OS X，MS Windows。 |
4樓2014-11-24 16:31:52
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