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[求助]
求助關(guān)于激發(fā)態(tài)相關(guān)問題！——審稿意見回復(fù)求助！ 已有1人參與
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我之前投了一篇文章，是研究一個關(guān)環(huán)機理，采用傳統(tǒng)過渡態(tài)理論，分別對反應(yīng)物R，過渡態(tài)TS, 產(chǎn)物P進行優(yōu)化和振動分析，并進行IRC驗證，確實連接反應(yīng)物和產(chǎn)物，最后計算能量，得到反應(yīng)活化能Ea.研究結(jié)果是在眾多關(guān)環(huán)反應(yīng)路徑中找到最可能的一條路徑，并給出了活化能和產(chǎn)物的結(jié)構(gòu)，紅外光譜 和熱力學(xué)數(shù)據(jù)。 以下是第二個審稿人提出的建議： Although uncomplicated, the authors did not gave a relatively overall analysis for the cyclization pathways, for instance, possible potential energy surfaces with different multiplicities(多重度), controlling factors in reaction processes (kinetic or thermodynamical), and so on. Those analyses should be done detailed based on the experimental conditions, ground-state thermochemical or excitation-state photochemical processes.（激發(fā)態(tài)光化學(xué)） 能理解字面意思，但是不太理解審稿人的意圖，因為我研究的都是基態(tài)的反應(yīng)物，過渡態(tài)，產(chǎn)物，計算過程中電荷和自選多重度都是：0,1.并不涉及激發(fā)態(tài)的計算，可是審稿人卻要求我給出激發(fā)態(tài)計算這個關(guān)環(huán)機理的情況，而我不知道要怎樣著手進行研究，特請各位高手幫忙！感激之至！ |
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beefly
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gmy1990: 金幣+2 2014-11-19 04:25:58
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gmy1990: 金幣+2 2014-11-19 04:25:58
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如果三重態(tài)的垂直激發(fā)能很高（例如好幾個電子伏），就沒必要優(yōu)化了。即便三重態(tài)真的能量最低，與單態(tài)之間的能壘也應(yīng)該很高，不影響單態(tài)的分析結(jié)果。 但是如果三重態(tài)的垂直激發(fā)能比較小，不優(yōu)化確實可能會出現(xiàn)問題。例如最近有一篇JACS上的文章研究化學(xué)反應(yīng)，優(yōu)化的都是單重態(tài)，可是經(jīng)過我測試，發(fā)現(xiàn)結(jié)果幾乎都是錯的，因為大部分結(jié)構(gòu)無論用什么方法算，都是三重態(tài)更穩(wěn)定�？墒侨思宜懔艘粋�月能發(fā)JACS，自己算十個月只能投垃圾雜志，不公平的事情太多了。 |
9樓2014-11-18 22:51:53
beefly
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2樓2014-11-17 01:39:42
3樓2014-11-17 23:11:53
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4樓2014-11-17 23:49:39
送紅花一朵 |
謝謝！請問，計算三重態(tài)是否一定要用到激發(fā)態(tài)的方法，比如CI，CASSCF等，直接用b3lyp方法，并將電荷和多重度改為：0,3進行優(yōu)化和單點能的計算，是否可行？ 例如輸入文件： %chk=DAAT-1.chk %mem=1GB %nprocshared=4 #p b3lyp/6-311++g** opt freq=noraman geom=connectivity opt of DAAT-1 0 3 N 3.15191100 -0.81162200 -0.00007000 N 0.80820000 1.66622600 0.00024200 N -1.36548300 0.67261700 -0.00021900 N -1.50821200 -1.67665100 0.00015400 N 0.57274600 -0.70653000 0.00012100 N -2.74236700 -1.52044500 0.00002600 N 2.67990800 0.34102200 0.00004300 C -0.53374900 1.73287100 -0.00016500 N 3.72879700 -1.77652500 -0.00021600 N -3.86697000 -1.54190700 -0.00007200 C 1.28346300 0.42750700 0.00020500 C -0.74435300 -0.50287800 0.00009400 H -0.49927600 3.77096800 0.00107100 H -2.09407200 3.05031900 0.00064100 N -1.09264600 2.95863200 -0.00036800 1 7 2.0 9 3.0 2 8 1.5 11 1.5 3 8 1.5 12 1.5 4 6 2.0 12 1.0 5 11 1.5 12 1.5 6 10 3.0 7 11 1.0 8 15 1.5 9 10 11 12 13 15 1.0 14 15 1.0 15 若不對，請幫忙修改！非常感謝！ |
5樓2014-11-18 09:08:43
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fatpig8832
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如果計算和實驗結(jié)合的話，需要考慮實驗的具體情況。例如在計算中有三重態(tài)的intermediate比單重態(tài)更穩(wěn)定，但三重態(tài)前面某一步TS能壘較高，且實驗中并沒有出現(xiàn)三重態(tài)預(yù)測的產(chǎn)物，那么基本可以斷定三重態(tài)不合理。 即使，三重態(tài)所有結(jié)構(gòu)的能量都低于單重態(tài)，但算出來的東西與實驗不符，而單重態(tài)相符，那么文章里只寫單重態(tài)也是合理的。 用實驗者的話來說，就是計算方法和基組肯定有誤差，一切以實驗結(jié)果為準，計算化學(xué)只是輔助。 |
10樓2014-11-19 10:41:47
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