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lltyy金蟲 (小有名氣)
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[求助]
結(jié)構(gòu)優(yōu)化后的笛卡爾坐標在哪里找呢？ 已有3人參與
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審稿人意見，Cartesian coordinates of all the optimized geometries should be provided in the supporting information. 是不是要增加優(yōu)化結(jié)構(gòu)的笛卡爾坐標呢？不是搞計算的，不太懂，能不能請各位大神指教如何在計算結(jié)果里找到這一數(shù)據(jù)，萬分感謝！ |
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如果是z矩陣結(jié)構(gòu)輸入，并且用默認的冗余內(nèi)坐標方法優(yōu)化，優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)參數(shù)回在輸出文件末尾顯示（如果同時指定了opt freq，則在頻率計算的步驟之前）。 如果用z矩陣坐標，z矩陣優(yōu)化，并且指定了opt freq，優(yōu)化好的參數(shù)在頻率計算步驟的開始顯示。 其它情況，需要自己找最后一步打印的結(jié)構(gòu)。如果用直角坐標，需要人工排版，把核電荷數(shù)改成元素符號。也可以用Gaussview把結(jié)構(gòu)另存。如果用z矩陣坐標，優(yōu)化的結(jié)構(gòu)參數(shù)在“Optimized Parameters”表格中。但是Gaussian的表格輸出程序做的很繁瑣，弄了很多畫蛇添足的功能，導致數(shù)字的顯示精度不夠。這樣的結(jié)構(gòu)參數(shù)經(jīng)常無法重復結(jié)果，所以最好到Z-MATRIX (ANGSTROMS AND DEGREES)輸出部分找這些參數(shù)。或者編個程序，從優(yōu)化好的直角坐標重新計算z矩陣參數(shù)。 |
7樓2014-11-20 00:57:42
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