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lltyy金蟲 (小有名氣)
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結(jié)構(gòu)優(yōu)化后的笛卡爾坐標(biāo)在哪里找呢？ 已有3人參與
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審稿人意見，Cartesian coordinates of all the optimized geometries should be provided in the supporting information. 是不是要增加優(yōu)化結(jié)構(gòu)的笛卡爾坐標(biāo)呢？不是搞計(jì)算的，不太懂，能不能請(qǐng)各位大神指教如何在計(jì)算結(jié)果里找到這一數(shù)據(jù)，萬(wàn)分感謝！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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如果是z矩陣結(jié)構(gòu)輸入，并且用默認(rèn)的冗余內(nèi)坐標(biāo)方法優(yōu)化，優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)參數(shù)回在輸出文件末尾顯示（如果同時(shí)指定了opt freq，則在頻率計(jì)算的步驟之前）。 如果用z矩陣坐標(biāo)，z矩陣優(yōu)化，并且指定了opt freq，優(yōu)化好的參數(shù)在頻率計(jì)算步驟的開始顯示。 其它情況，需要自己找最后一步打印的結(jié)構(gòu)。如果用直角坐標(biāo)，需要人工排版，把核電荷數(shù)改成元素符號(hào)。也可以用Gaussview把結(jié)構(gòu)另存。如果用z矩陣坐標(biāo)，優(yōu)化的結(jié)構(gòu)參數(shù)在“Optimized Parameters”表格中。但是Gaussian的表格輸出程序做的很繁瑣，弄了很多畫蛇添足的功能，導(dǎo)致數(shù)字的顯示精度不夠。這樣的結(jié)構(gòu)參數(shù)經(jīng)常無(wú)法重復(fù)結(jié)果，所以最好到Z-MATRIX (ANGSTROMS AND DEGREES)輸出部分找這些參數(shù)�；蛘呔巶�(gè)程序，從優(yōu)化好的直角坐標(biāo)重新計(jì)算z矩陣參數(shù)。 |
7樓2014-11-20 00:57:42
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