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Luv_XiaoMian新蟲 (初入文壇)
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[交流]
請(qǐng)問LAMMPS中可以對(duì)體系氫鍵進(jìn)行計(jì)算統(tǒng)計(jì)嗎？ 已有5人參與
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首先我想請(qǐng)問一個(gè)水的模型，不管是tip3p還是tip4p，選取合適的勢函數(shù)以后力場里面包含了氫鍵作用么？ 建模的時(shí)候當(dāng)然只建立了H-0鍵，但是氫鍵的定義應(yīng)該是以氧原子為圓心，一定半徑和角度里能找到非H-O鍵連接的H原子就可以吧， 我覺得這個(gè)功能LAMMPS計(jì)算起來應(yīng)該不難的， 所以想請(qǐng)問lammps自帶的功能里面有統(tǒng)計(jì)氫鍵這樣的命令嗎，比如compute，或者dump里面有相關(guān)命令嗎，我手冊貌似沒有發(fā)現(xiàn)不過也可能是我看得不夠仔細(xì) 還請(qǐng)大神指點(diǎn)。 又或者用后處理軟件，比如ovito或者vmd來處理lammps的輸出數(shù)據(jù) vmd里面倒是有氫鍵統(tǒng)計(jì)，在模型可視化里也有Hbond顯示，但是我輸出的模型（好幾個(gè)）既看不到氫鍵，也無法統(tǒng)計(jì)出氫鍵數(shù) 不知道是我使用VMD方法不得要領(lǐng)，還是LAMMPS是不考慮氫鍵的？ |
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志遠(yuǎn)T
新蟲 (初入文壇)
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請(qǐng)問樓主解決了嗎？因?yàn)槲乙蚕胨阋幌職滏I，但是直接用軌跡文件在VMD里操作不可以，是之前還需要計(jì)算一些什么信息嗎？ 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
7樓2020-09-05 12:44:13
3樓2014-12-03 14:42:23
零度不結(jié)冰
新蟲 (小有名氣)
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4樓2015-05-21 16:19:07
5樓2019-03-11 15:16:47
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