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小木蟲論壇-學術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » 分子動力學軌跡文件一般多大？
| 查看: 4805 | 回復(fù): 21 | |||
cenwanglai榮譽版主 (知名作家)
老和山猥瑣派九段
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[交流]
分子動力學軌跡文件一般多大？ 已有6人參與
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| 跑分子動力學要跑動平衡，一直跑很多步來做統(tǒng)計。條查一下，各位做分子動力學的，包括經(jīng)典和第一性原理的，有意義的結(jié)果的單個軌跡文件一般多大？ |
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這個要看你的系統(tǒng)大小，有多少原子，存了多少步。 一般我們把軌跡存成文本文件，最起碼要保存三個位置坐標，這三個坐標一般都是浮點數(shù)，看你取多少位小數(shù)輸出，一般的程序默認的話都是輸出6到10位小數(shù)吧,也有更多，給你精確到十好幾位的也有。就取比較節(jié)約的，咱們就算保留五、六位小數(shù)，加上小數(shù)點，小數(shù)點前的數(shù)（先算兩位吧，看邊長大�。撎�，數(shù)字間的空格，一個數(shù)算10個字符吧，就是10個字節(jié)。三個數(shù)就是30個字節(jié)。其它一般你起碼還要存原子的id吧，還有它的類型吧。這又加了幾個字節(jié)。這都不算了，就算一個原子用30個字節(jié)吧，這應(yīng)該是下限了，不能再少了。 假如你有1000個原子，這在目前已經(jīng)是很小的系統(tǒng)了。那么存一步，文件起碼3萬字節(jié)，也就是30k。你存1000步的話，就是30m。以此類推。這是最少的情況。實際輸出一般都會比這大，而且你用通用軟件的話，還會給你輸出很多附加的信息。建議你乘1.5或者乘2來估計。如果你文件里還要同時存別的信息比如速度，力，msd什么的，那你還要再加。 如果你存成二進制文本，那你每個原子存多少信息，存的是整型還是浮點型，雙精度還是單精度，系統(tǒng)是32位還是64位，你也可以估算需要多少空間，跟文本文件差不太多，一個數(shù)量級。如果有辦法進一步壓縮，那再另算。 我們做的工作，存一個文件小的幾十m，大的非常大。有的一步就幾百m，甚至好多g，只好每一步存成一個文件。 |
21樓2020-08-01 13:12:33
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2樓2014-11-26 00:49:43
阿Q~~
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4樓2014-11-26 07:16:18
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5樓2014-11-26 07:47:27
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 本帖僅樓主可見 |
6樓2014-11-26 08:05:47
chuntao118
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7樓2014-11-26 08:26:51
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祝福 [ 發(fā)自手機版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
8樓2014-11-26 11:44:41
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9樓2014-11-26 12:01:32
子子丘水
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10樓2014-11-26 12:43:18
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