 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 4806 | 回復(fù): 21 | |||
cenwanglai榮譽(yù)版主 (知名作家)
老和山猥瑣派九段
|
[交流]
分子動(dòng)力學(xué)軌跡文件一般多大？ 已有6人參與
|
||
| 跑分子動(dòng)力學(xué)要跑動(dòng)平衡，一直跑很多步來做統(tǒng)計(jì)。條查一下，各位做分子動(dòng)力學(xué)的，包括經(jīng)典和第一性原理的，有意義的結(jié)果的單個(gè)軌跡文件一般多大？ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
280分求調(diào)劑 一志愿085802
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
0854電子信息求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
263求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
石河子大學(xué)（211、雙一流）碩博研究生長(zhǎng)期招生公告
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿西安交通大學(xué)材料工程專業(yè) 282分求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
北科281學(xué)碩材料求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
298求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
310求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
311求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- Gromacs膜蛋白添加水模擬的一個(gè)問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 分子動(dòng)力學(xué)模擬軌跡文件格式的選擇問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 如何將amber的軌跡文件mdcrd格式轉(zhuǎn)換成gromacs的軌跡文件格式 trr呢
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 分子模擬中MSD的問題討論
已經(jīng)有25人回復(fù)
- LAMMPS的軌跡文件怎么轉(zhuǎn)換為VMD的PDB文件
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 跑完Gromacs的動(dòng)力學(xué)模擬之后的軌跡文件.trr里面沒有內(nèi)容，為什么？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- vmd如何遠(yuǎn)程加載分子動(dòng)力學(xué)軌跡？
已經(jīng)有9人回復(fù)
- discover模擬，分子跑到盒子外面怎么辦
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 怎么把Discover動(dòng)力學(xué)完成后的軌跡文件提取出來？
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 軌跡文件mdcrd過大，VMD總是出錯(cuò)，有什么解決辦法？
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【討論】高斯和MS文件轉(zhuǎn)換
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】軌跡文件格式轉(zhuǎn)化問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
老虎大王
木蟲 (著名寫手)
- 模擬EPI: 17
- 應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
- 貴賓: 0.17
- 金幣: 4774.1
- 散金: 8
- 紅花: 42
- 帖子: 1361
- 在線: 215.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 659094
- 注冊(cè): 2008-11-21
- 專業(yè): 金屬結(jié)構(gòu)材料
★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
|
這個(gè)要看你的系統(tǒng)大小，有多少原子，存了多少步。 一般我們把軌跡存成文本文件，最起碼要保存三個(gè)位置坐標(biāo)，這三個(gè)坐標(biāo)一般都是浮點(diǎn)數(shù)，看你取多少位小數(shù)輸出，一般的程序默認(rèn)的話都是輸出6到10位小數(shù)吧,也有更多，給你精確到十好幾位的也有。就取比較節(jié)約的，咱們就算保留五、六位小數(shù)，加上小數(shù)點(diǎn)，小數(shù)點(diǎn)前的數(shù)（先算兩位吧，看邊長(zhǎng)大小），正負(fù)號(hào)，數(shù)字間的空格，一個(gè)數(shù)算10個(gè)字符吧，就是10個(gè)字節(jié)。三個(gè)數(shù)就是30個(gè)字節(jié)。其它一般你起碼還要存原子的id吧，還有它的類型吧。這又加了幾個(gè)字節(jié)。這都不算了，就算一個(gè)原子用30個(gè)字節(jié)吧，這應(yīng)該是下限了，不能再少了。 假如你有1000個(gè)原子，這在目前已經(jīng)是很小的系統(tǒng)了。那么存一步，文件起碼3萬字節(jié)，也就是30k。你存1000步的話，就是30m。以此類推。這是最少的情況。實(shí)際輸出一般都會(huì)比這大，而且你用通用軟件的話，還會(huì)給你輸出很多附加的信息。建議你乘1.5或者乘2來估計(jì)。如果你文件里還要同時(shí)存別的信息比如速度，力，msd什么的，那你還要再加。 如果你存成二進(jìn)制文本，那你每個(gè)原子存多少信息，存的是整型還是浮點(diǎn)型，雙精度還是單精度，系統(tǒng)是32位還是64位，你也可以估算需要多少空間，跟文本文件差不太多，一個(gè)數(shù)量級(jí)。如果有辦法進(jìn)一步壓縮，那再另算。 我們做的工作，存一個(gè)文件小的幾十m，大的非常大。有的一步就幾百m，甚至好多g，只好每一步存成一個(gè)文件。 |
21樓2020-08-01 13:12:33
★ ★ ★
cenwanglai: 金幣+3 2014-11-26 08:33:32
cenwanglai: 金幣+3 2014-11-26 08:33:32
 |
2樓2014-11-26 00:49:43
阿Q~~
至尊木蟲 (文壇精英)
- 應(yīng)助: 77 (初中生)
- 金幣: 33343.6
- 紅花: 107
- 帖子: 36186
- 在線: 1028.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 3237212
- 注冊(cè): 2014-05-27
- 性別: MM
- 專業(yè): 宇宙學(xué)
3樓2014-11-26 06:38:43
foolmonkey
新蟲 (知名作家)
- 應(yīng)助: 69 (初中生)
- 金幣: 12432.3
- 散金: 30
- 紅花: 11
- 帖子: 7908
- 在線: 302小時(shí)
- 蟲號(hào): 2265552
- 注冊(cè): 2013-01-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物資源與分類學(xué)
4樓2014-11-26 07:16:18
★ ★ ★
cenwanglai: 金幣+3 2014-11-26 08:33:47
cenwanglai: 金幣+3 2014-11-26 08:33:47
 |
5樓2014-11-26 07:47:27
★ ★ ★
cenwanglai: 金幣+3 2014-11-26 08:33:52
cenwanglai: 金幣+3 2014-11-26 08:33:52
 本帖僅樓主可見 |
6樓2014-11-26 08:05:47
chuntao118
新蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 93 (初中生)
- 金幣: 2590.9
- 散金: 1402
- 紅花: 25
- 帖子: 1611
- 在線: 241.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 1791567
- 注冊(cè): 2012-05-02
- 專業(yè): 計(jì)算數(shù)學(xué)與科學(xué)工程計(jì)算
7樓2014-11-26 08:26:51
★ ★ ★ ★ ★ ★
cenwanglai: 金幣+3 2014-11-26 14:42:52
cenwanglai: 金幣+3 2014-11-26 14:43:15
cenwanglai: 金幣+3 2014-11-26 14:42:52
cenwanglai: 金幣+3 2014-11-26 14:43:15
|
祝福 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
8樓2014-11-26 11:44:41
★ ★ ★ ★ ★ ★
cenwanglai: 金幣+3 2014-11-26 14:42:57
cenwanglai: 金幣+3 2014-11-26 14:43:13
cenwanglai: 金幣+3 2014-11-26 14:42:57
cenwanglai: 金幣+3 2014-11-26 14:43:13
|
|
9樓2014-11-26 12:01:32
子子丘水
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 53 (初中生)
- 金幣: 2426.4
- 紅花: 34
- 帖子: 422
- 在線: 169.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 2490134
- 注冊(cè): 2013-05-31
- 性別: GG
- 專業(yè): 應(yīng)用高分子化學(xué)與物理
10樓2014-11-26 12:43:18
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 cenwanglai 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿上海交大生物與醫(yī)藥專碩324分，求調(diào)劑 +3 | jiajunX 2026-03-22 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 尋找調(diào)劑 +4 | 倔強(qiáng)芒? 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 070300化學(xué)求調(diào)劑 +3 | 苑豆豆 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 廣西大學(xué)材料導(dǎo)師推薦 +3 | 夏夏夏小正 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿南大，0703化學(xué)，分?jǐn)?shù)336，求調(diào)劑 +3 | 收到VS 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
[考研] 材料學(xué)碩333求調(diào)劑 +3 | 北道巷 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 白QF 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +5 | 睿08 2026-03-17 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +6 | △小透明* 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿華南師大 070300（化學(xué)）304分求調(diào)劑 +3 | 0703武芊慧雪304 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +10 | S.H1 2026-03-18 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 阿姐阿姐家啊 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料求調(diào)劑，總分315（英一） +5 | sbdksD 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 350求調(diào)劑 +5 | weudhdk 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] A區(qū)線材料學(xué)調(diào)劑 +5 | 周周無極 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
 295復(fù)試調(diào)劑
+8
|
簡(jiǎn)木ChuFront 2026-03-19 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程調(diào)劑 +9 | 大可digkids 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0854可跨調(diào)劑，一作一項(xiàng)核心論文五項(xiàng)專利，省、國(guó)級(jí)證書40+數(shù)一英一287 +8 | 小李0854 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 312求調(diào)劑 +8 | 陌宸希 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 334求調(diào)劑 +3 | 志存高遠(yuǎn)意在機(jī)?/a> 2026-03-16 | 3/150 |
|