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fengjingyi鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
lammps新手用tip4p模型模擬水
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現(xiàn)在想用tip4p模型模擬液態(tài)水，計算時總是出現(xiàn)錯誤ERROR on proc:TIP4P hydrogen has incorrect atom type 一開始用pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.15 8.5 8.5就會出錯，試著換了個勢函數(shù) pair_style lj/cut 8.5 就沒出錯了，所以我覺得可能是勢函數(shù)的問題。不過我比較想用tip4p。有沒有什么辦法呢？本人是非常新的新手，希望能講的詳細(xì)一點點。 下面是我的in文件： units metal atom_style full dimension 3 boundary p p p newton on read_data ye.data pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.15 8.5 8.5 pair_coeff 1 1 0.1521 3.154000 8.5 pair_coeff * 2 0.000000 0.000000 8.5 bond_style harmonic bond_coeff 1 450 0.9572 angle_style harmonic angle_coeff 1 55 104.52 kspace_style pppm/tip4p 0.0001 neigh_modify delay 0 every 1 neighbor 2.0 bin timestep 0.0002 velocity all create 400 72489 mom yes rot yes fix 5 all box/relax iso 10 vmax 0.001 min_style cg minimize 1.0e-12 1.0e-12 10000 10000 unfix 5 reset_timestep 0 fix 2 all npt temp 300 300 0.02 iso 10 10 0.2 pchain 8 drag 0.5 thermo 500 #(每200步輸出熱力學(xué)結(jié)果) thermo_style custom step temp pe etotal press vol density enthalpy xlo xhi ylo yhi zlo zhi dump 1 all cfg 1000 dump2.temp_*.cfg mass type xs ys zs x y z run 10000 |
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abinitio: 金幣+5, 感謝分享經(jīng)驗 2015-07-23 16:57:47
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帖子是很久以前的了，不知道樓主后來怎么辦。分享一點我的經(jīng)驗。 根據(jù)mannual里面的語句介紹 pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.15 8.5 8.5 中第一個“1”表示O原子atom type =1, 后面的“2”表示H原子atom type=2，這個要與輸入的data文件對應(yīng)，可能樓主的data文件里是反的，H的atom type=1了。 在 pair_style lj/cut 8.5語句中，沒有關(guān)于這類參數(shù)的定義，只設(shè)定截斷距離，因此不存在與data文件對應(yīng)問題，所以不報錯吧。 希望能給以后遇到同樣問題的木蟲一點小小的幫助~ |
6樓2015-07-19 09:35:50
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7樓2016-03-06 22:33:39
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8樓2016-03-06 23:38:00
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