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gn02530640銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
關(guān)于Material Studio 的pdb輸出檔 已有1人參與
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先說(shuō)一下，我想問(wèn)的問(wèn)題其實(shí)跟分子模擬其實(shí)沒(méi)什么關(guān)系… 情況是這樣的。我個(gè)人目前使用NAMD作模擬動(dòng)力學(xué)計(jì)算，我的做法是先在Material Studio 或者是Gaussian 下創(chuàng)建我所需要的單體分子/聚合物以及作前處理(能量?jī)?yōu)化，計(jì)算電荷，etc……)，甚至是用Amorphous Tools把分子放進(jìn)盒子后，再輸出成NAMD所需要的pdb文件�？傊鞒淌沁@樣： 用 Gaussian 創(chuàng)建分子并且做結(jié)構(gòu)優(yōu)化和電荷計(jì)算后，輸出成pdb文件 -> 用 MS 讀取該 pdb文件，用 Amorphous Tools 把分子放進(jìn)盒子里 -> 將得到的 xtd 文件輸出成pdb文件，用于NAMD (這個(gè)過(guò)程可能不完全正確甚至有點(diǎn)麻煩，但至少我目前的確是這樣做的) 問(wèn)題來(lái)了，我從MS轉(zhuǎn)換輸出最后的pdb文件，分子的殘基序號(hào)都是相同的，舉例來(lái)說(shuō)： HETATM 1 OH2 HOH W 1 HETATM 2 H1 HOH W 1 HETATM 3 H2 HOH W 1 TER 4 HETATM 5 OH2 HOH W 1 HETATM 6 H1 HOH W 1 HETATM 7 H2 HOH W 1 TER 8 HETATM 9 OH2 HOH W 1 HETATM 10 H1 HOH W 1 HETATM 11 H2 HOH W 1 TER 12 可以發(fā)現(xiàn)3個(gè)水分子的殘基序號(hào)都是1，這樣的pdb文件在產(chǎn)生psf文件的過(guò)程中肯定會(huì)出錯(cuò)。相反的，如果是在MS下直接畫(huà)好水分子并且輸出成pdb文件的話(huà)，就不會(huì)有這種情況發(fā)生： ATOM 1 O1 MOL 1 ATOM 2 H2 MOL 1 ATOM 3 H3 MOL 1 ATOM 4 O4 MOL 2 ATOM 5 H5 MOL 2 ATOM 6 H6 MOL 2 ATOM 7 O7 MOL 3 ATOM 8 H8 MOL 3 ATOM 9 H9 MOL 3 TER 10 回到主題，我目前的解決方式是用文本編輯器開(kāi)啟pdb文件后手動(dòng)修改殘基序號(hào)，但效率太低…只有幾個(gè)分子的話(huà)還好處理，如果是幾千個(gè)分子…… 因此我的問(wèn)題很簡(jiǎn)單：有沒(méi)有什么辦法讓MS在輸出pdb文件時(shí)自動(dòng)修改殘基序號(hào)? 或者是有沒(méi)有什么辦法可以快速修改殘基序號(hào)(比方說(shuō)寫(xiě)腳本?) 有點(diǎn)太啰嗦了，總之想請(qǐng)各位蟲(chóng)友指點(diǎn)一下迷津，感激不盡! |
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鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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2樓2014-12-13 18:08:05
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