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gn02530640銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
關(guān)于Material Studio 的pdb輸出檔 已有1人參與
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先說一下，我想問的問題其實跟分子模擬其實沒什么關(guān)系… 情況是這樣的。我個人目前使用NAMD作模擬動力學(xué)計算，我的做法是先在Material Studio 或者是Gaussian 下創(chuàng)建我所需要的單體分子/聚合物以及作前處理(能量優(yōu)化，計算電荷，etc……)，甚至是用Amorphous Tools把分子放進(jìn)盒子后，再輸出成NAMD所需要的pdb文件�？傊鞒淌沁@樣： 用 Gaussian 創(chuàng)建分子并且做結(jié)構(gòu)優(yōu)化和電荷計算后，輸出成pdb文件 -> 用 MS 讀取該 pdb文件，用 Amorphous Tools 把分子放進(jìn)盒子里 -> 將得到的 xtd 文件輸出成pdb文件，用于NAMD (這個過程可能不完全正確甚至有點麻煩，但至少我目前的確是這樣做的) 問題來了，我從MS轉(zhuǎn)換輸出最后的pdb文件，分子的殘基序號都是相同的，舉例來說： HETATM 1 OH2 HOH W 1 HETATM 2 H1 HOH W 1 HETATM 3 H2 HOH W 1 TER 4 HETATM 5 OH2 HOH W 1 HETATM 6 H1 HOH W 1 HETATM 7 H2 HOH W 1 TER 8 HETATM 9 OH2 HOH W 1 HETATM 10 H1 HOH W 1 HETATM 11 H2 HOH W 1 TER 12 可以發(fā)現(xiàn)3個水分子的殘基序號都是1，這樣的pdb文件在產(chǎn)生psf文件的過程中肯定會出錯。相反的，如果是在MS下直接畫好水分子并且輸出成pdb文件的話，就不會有這種情況發(fā)生： ATOM 1 O1 MOL 1 ATOM 2 H2 MOL 1 ATOM 3 H3 MOL 1 ATOM 4 O4 MOL 2 ATOM 5 H5 MOL 2 ATOM 6 H6 MOL 2 ATOM 7 O7 MOL 3 ATOM 8 H8 MOL 3 ATOM 9 H9 MOL 3 TER 10 回到主題，我目前的解決方式是用文本編輯器開啟pdb文件后手動修改殘基序號，但效率太低…只有幾個分子的話還好處理，如果是幾千個分子…… 因此我的問題很簡單：有沒有什么辦法讓MS在輸出pdb文件時自動修改殘基序號? 或者是有沒有什么辦法可以快速修改殘基序號(比方說寫腳本?) 有點太啰嗦了，總之想請各位蟲友指點一下迷津，感激不盡! |
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qchem
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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2樓2014-12-13 18:08:05
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