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趙慧錚銅蟲 (著名寫手)
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[求助]
耐藥基因測(cè)序和mlst 已有3人參與
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我是做細(xì)菌耐藥的，本人對(duì)于分子生物學(xué)剛剛?cè)腴T，很多都還是不太明白，我想問下： 1.細(xì)菌耐藥基因擴(kuò)增出來(lái)之后為什么要進(jìn)行測(cè)序，然和和genbank進(jìn)行比對(duì)，是查看有沒有位點(diǎn)的突變嗎？就算是存在突變，還是對(duì)抗生素耐藥，這又有什么作用呢？ 2.細(xì)菌做MLST的作用是什么？進(jìn)行分型，然后查看是否有同源性嗎？PCR擴(kuò)增出看家基因之后需要做些什么？ 多謝各位了�。�！ |
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1.細(xì)菌耐藥基因擴(kuò)增出來(lái)之后為什么要進(jìn)行測(cè)序，然和和genbank進(jìn)行比對(duì)，是查看有沒有位點(diǎn)的突變嗎？就算是存在突變，還是對(duì)抗生素耐藥，這又有什么作用呢？ 測(cè)序看具體哪些位點(diǎn)突變了，不同的突變可能導(dǎo)致的耐藥性不同，便于治療前后預(yù)測(cè)藥效或?qū)ΠY下藥。 2.細(xì)菌做MLST的作用是什么？進(jìn)行分型，然后查看是否有同源性嗎？PCR擴(kuò)增出看家基因之后需要做些什么？ 同理，不同分型的耐藥性可能不一致。 |
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趙慧錚
2樓2014-12-15 10:37:02
sxxuan
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1.細(xì)菌耐藥基因擴(kuò)增出來(lái)之后為什么要進(jìn)行測(cè)序，然和和genbank進(jìn)行比對(duì)，是查看有沒有位點(diǎn)的突變嗎？就算是存在突變，還是對(duì)抗生素耐藥，這又有什么作用呢？ 和genbank進(jìn)行比對(duì)是為了確定三個(gè)問題：1 PCR是否正確，有可能是假陽(yáng)性，因?yàn)榛驕y(cè)序是金標(biāo)準(zhǔn)；2 通過(guò)測(cè)序，比對(duì)能確定這株耐藥菌的耐藥機(jī)制，比如一株耐碳青霉烯類的KPN，通過(guò)MHT陽(yáng)性和PCR得到陽(yáng)性帶，在通過(guò)測(cè)序，比對(duì)得到是KPC，那么這株耐藥菌的耐藥機(jī)制是產(chǎn)生KPC酶。3 如果你通過(guò)測(cè)序發(fā)現(xiàn)你的目的條帶總和genbank上有固定的幾個(gè)位點(diǎn)發(fā)生變異，OK，沒準(zhǔn)你發(fā)現(xiàn)了一個(gè)耐藥基因的新亞型， 但要排除無(wú)意義突變，也就是說(shuō)基因序列不一樣，模擬翻譯的蛋白質(zhì)序列也不一樣。如果存在突變那你就要對(duì)這個(gè)耐藥基因進(jìn)行克隆，表達(dá)，純化，測(cè)其酶學(xué)特性，觀察這個(gè)耐藥基因?qū)ζ渌股氐腒M和Kcat值。我所說(shuō)的這些，只適合于細(xì)菌耐藥是因?yàn)楫a(chǎn)生了酶，不適合其他的如，外膜蛋白的變化以及外排泵的過(guò)度表達(dá)。 |
6樓2015-02-05 21:29:15
趙慧錚
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9樓2020-08-17 20:38:02
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