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childchou銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
啟動(dòng)子克隆結(jié)果總有突變 已有2人參與
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請(qǐng)教下各位高人,我克隆一個(gè)啟動(dòng)子2000bp,開始用普通Taq酶擴(kuò)增大面積突變,之后就試過好幾種高保真酶擴(kuò)增,但是都有2-3個(gè)堿基突變,有一個(gè)是與NCBI上我的目的序列相比,突變了一個(gè)然后分別多一個(gè)和少一個(gè)堿基,所以大小是一樣的,師兄說可以去PLANTCARE 分析,結(jié)果NCBI上序列和我擴(kuò)出來的序列分析出的各種作用元件什么的都是一模一樣的,沒有多也沒有少,那我能直接用我擴(kuò)出來的這個(gè)序列嗎?會(huì)對(duì)后面實(shí)驗(yàn)有影響嗎? |

金蟲 (小有名氣)
| 解決方案:請(qǐng)把用高保真酶P出來的目的片段,連成質(zhì)粒,送3個(gè)樣品測(cè)序(如果經(jīng)濟(jì)條件允許,可多測(cè)幾個(gè)),比較這3個(gè)樣品的序列,如果序列差別不大,個(gè)別堿基的差異,請(qǐng)保留出現(xiàn)比例高的質(zhì)粒用于你的后續(xù)實(shí)驗(yàn)。下面解釋一下原因,因?yàn)槟闾崛〉幕蚪M是個(gè)mix,本身就很復(fù)雜,但你測(cè)序又是單clone,所以會(huì)出現(xiàn)一些不一致的地方,所以就需要你通過幾個(gè)clone測(cè)序來確定你實(shí)驗(yàn)對(duì)象的序列。另外,如果你非要迷信NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)里面的序列,可用定點(diǎn)突變的方法把你認(rèn)為不對(duì)的地方全部都變成跟NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)里面的序列一致,再進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)。順便說一句,NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)里面的信息是需要更新的,有時(shí)候N久都沒更新,所以需要通過廣大苦逼的生物科研工作人員的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)去更新它。我的建議希望對(duì)樓主有所幫助。 |
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