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efeyer

銀蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 理論和計算化學(xué)

[求助] antechamber 小分子力場加氫的問題

我想建立一個硫酸小分子的力場參數(shù)，如果直接用高斯優(yōu)化的H2SO4來產(chǎn)生的H2SO4.pdb, 按照antechamber TUTORIAL 的說明，最終產(chǎn)生參數(shù)文件，可是讀取相應(yīng)的坐標，結(jié)構(gòu)差的太遠了。而如果不不加硫酸中的兩個氫原子的話，很順利的得到了SO4的力場參數(shù)，并且最終SO4的坐標讀出的結(jié)構(gòu)也是正確的。于是我又用reduce **.pdb > ***.pdb 命令，想在SO4的pdb里面加上H原子，再來得到h2so4的力場參數(shù)，可是H原子就是加不上，產(chǎn)生的pdb與SO4 的pdb 還是一樣的。不知道怎樣才能生成正確的H2SO4的力場參數(shù)文件，或者怎樣才能在AMBER 下加入H原子呢？謝謝大家啦。

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1樓 2014-12-30 21:25:18

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