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Gromacs 做教程1 水中溶菌酶時(shí)，npt壓力不是1個(gè)大氣壓。 已有2人參與
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| 先做了em，又做了nvt（平均溫度是299k，與300k接近），在做到NPT的時(shí)候，用gmx_mpi energy -f npt.edr -o pressure.xvg 發(fā)現(xiàn)得到的平均壓力不是設(shè)定的1個(gè)大氣壓，每次做的結(jié)果都不一樣，有時(shí)是正的，有時(shí)是負(fù)的，不定。所有的輸入文件和.mdp都是教程上的，沒有做過改動(dòng)，用的版本是5.0.2。希望做過的大俠們能指點(diǎn)一下小弟。http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... yme/01_pdb2gmx.html這是教程的鏈接。 |
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3樓2015-01-20 15:11:53
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