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[求助]
作MOF的蒙特卡羅模擬吸附小分子時(shí)CIF文件有無序結(jié)構(gòu)時(shí)如何處理 已有1人參與
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最近在用MS7.0的Sorption模塊做MC時(shí)，從CCDC上下載CIF文件建模的時(shí)候發(fā)現(xiàn)多個(gè)結(jié)構(gòu)有很多無序結(jié)構(gòu)，比如同一個(gè)苯環(huán)出現(xiàn)了多個(gè)重疊，我知道這是由于做XRD，解單晶時(shí)反映的一個(gè)整體結(jié)構(gòu)時(shí)由于同一個(gè)重復(fù)單元在不同的晶胞里面的位置不用造成的，反映到CIF文件中就是同一個(gè)位置出現(xiàn)多個(gè)相同的結(jié)構(gòu)，而且都有一定的占有率。更明顯的是一個(gè)甲基上的三個(gè)H在CIF中反映為6個(gè)H，其占有率均為50%，刪除其中一個(gè)另外一個(gè)也跟著被刪除了。那我的問題是我們?cè)谀眠@種CIF文件做MC模擬的時(shí)候，有沒有必要人為的將這些無序和不符合化學(xué)常識(shí)的情況調(diào)整過來？如果需要調(diào)整的話，是不是每一種占有率情況下的結(jié)構(gòu)都要做一次模擬？ 各位做MC的大牛，小弟剛剛接觸這個(gè)，請(qǐng)大家多多指教！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
youyno: 金幣+10, ★★★很有幫助, 也就是說這樣的結(jié)構(gòu)是可以算!但是那些刪除的結(jié)構(gòu)在晶體中也占了一定的比例，我們是要忽略這些嗎？ 2015-01-08 21:56:32
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2015-01-09 10:25:09
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
youyno: 金幣+10, ★★★很有幫助, 也就是說這樣的結(jié)構(gòu)是可以算!但是那些刪除的結(jié)構(gòu)在晶體中也占了一定的比例，我們是要忽略這些嗎？ 2015-01-08 21:56:32
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2015-01-09 10:25:09
| 這個(gè)和晶胞的對(duì)稱性有關(guān)，如何你直接導(dǎo)進(jìn)來進(jìn)行修改不合適的話，可以把晶胞MAKE P1后進(jìn)行修改，P1的對(duì)稱性最低 |
2樓2015-01-08 20:44:26
3樓2015-01-08 22:02:39
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