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oudegeshen銀蟲(chóng) (小有名氣)
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Materials Studio 7.0 計(jì)算PGA(一種高分子)密度，最終目的期望得到好的PGA分子結(jié)構(gòu)
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維基百科數(shù)據(jù)顯示PGA (poly glycolic acid) 密度1.53 g/cm^3 但我用materials studio計(jì)算的值是1.40 g/cm^3 方法：建立PGA均聚物——PGA分子，然后modify charge。一個(gè)PGA分子含30個(gè)glycolic acid 單體，一個(gè)Amorphous cell construction 的邊長(zhǎng)為31埃，計(jì)算質(zhì)量為medium，5個(gè)frame. 然后幾何優(yōu)化，幾何優(yōu)化后選擇用能量最低的frame計(jì)算Forcite dynamics：NPT--298K，1.0e-4GPa，壓力和溫度都用Anderson，計(jì)算時(shí)間為2納秒。 我試過(guò)幾何優(yōu)化后用Forcite anneal-NVT，然后再計(jì)算Forcite dynamics。但得到的密度反而更小一點(diǎn)。 也試過(guò)將一個(gè)PGA分子的單體數(shù)目設(shè)為100，Amorphous cell construction 的邊長(zhǎng)為40埃，然后用Forcite dynamics計(jì)算，結(jié)果密度小于1.4 g/cm^3. 還有個(gè)問(wèn)題，每次建立的Amorphous construction cell 內(nèi)分子分布都不均勻，而且分子間總有很大的縫隙，怎樣的得到更好的結(jié)構(gòu)或能量更低的結(jié)構(gòu)呢？ 求教高手��！ 謝謝��！ |
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銀蟲(chóng) (小有名氣)
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2樓2015-01-11 06:44:28
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3樓2015-01-14 00:53:48
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