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oudegeshen銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
Materials Studio 7.0 計算PGA(一種高分子)密度，最終目的期望得到好的PGA分子結(jié)構(gòu)
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維基百科數(shù)據(jù)顯示PGA (poly glycolic acid) 密度1.53 g/cm^3 但我用materials studio計算的值是1.40 g/cm^3 方法：建立PGA均聚物——PGA分子，然后modify charge。一個PGA分子含30個glycolic acid 單體，一個Amorphous cell construction 的邊長為31埃，計算質(zhì)量為medium，5個frame. 然后幾何優(yōu)化，幾何優(yōu)化后選擇用能量最低的frame計算Forcite dynamics：NPT--298K，1.0e-4GPa，壓力和溫度都用Anderson，計算時間為2納秒。 我試過幾何優(yōu)化后用Forcite anneal-NVT，然后再計算Forcite dynamics。但得到的密度反而更小一點。 也試過將一個PGA分子的單體數(shù)目設為100，Amorphous cell construction 的邊長為40埃，然后用Forcite dynamics計算，結(jié)果密度小于1.4 g/cm^3. 還有個問題，每次建立的Amorphous construction cell 內(nèi)分子分布都不均勻，而且分子間總有很大的縫隙，怎樣的得到更好的結(jié)構(gòu)或能量更低的結(jié)構(gòu)呢？ 求教高手��！ 謝謝�。� |
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xuyihan
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oudegeshen
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2樓2015-01-11 06:44:28
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