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請(qǐng)問采用分子動(dòng)力學(xué)在做離子與金屬表面吸附模擬時(shí)，模型怎么建立？ 已有1人參與
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如題，我要模擬一個(gè)聚合物離子在Fe表面的吸附模擬，聚合物如圖1，采用Compass力場(chǎng)。 1、那么Cl離子和銨根離子之間需要連接鍵嗎 2、我看論壇上有人說用分子動(dòng)力學(xué)的話，就不用對(duì)原子分配電荷了，力場(chǎng)會(huì)自動(dòng)分配電荷，不知正確不。 3、在Discover設(shè)置里面，由于要對(duì)離子進(jìn)行Minimize，還要對(duì)含有此離子的體系進(jìn)行MD模擬，那么setup選項(xiàng)里面typing、non-bond和automation改怎么設(shè)置呢？ 希望大家能幫我解答一下這個(gè)問題，困擾我很久了，也希望月只藍(lán)版主多多關(guān)照啊 圖1.jpg 圖2.png 圖3.png 圖4.png |
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月只藍(lán)
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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1、那么Cl離子和銨根離子之間需要連接鍵嗎 回復(fù)：離子鍵，不需要連接。如果該聚合物會(huì)解離，且起主要作用。只建立陽離子部分模型即可。 2、我看論壇上有人說用分子動(dòng)力學(xué)的話，就不用對(duì)原子分配電荷了，力場(chǎng)會(huì)自動(dòng)分配電荷，不知正確不。 回復(fù)：如果選用的力場(chǎng)已經(jīng)包含了該體系內(nèi)所有粒子的參數(shù)，則電荷可選擇力場(chǎng)分配“Forcefield assigned”。 3、在Discover設(shè)置里面，由于要對(duì)離子進(jìn)行Minimize，還要對(duì)含有此離子的體系進(jìn)行MD模擬，那么setup選項(xiàng)里面typing、non-bond和automation改怎么設(shè)置呢？ 回復(fù)：non-bond中的設(shè)置比較重要，庫(kù)侖力（靜電力）選擇Ewad是必需的，范德華力選擇 Atom based，截?cái)喟霃礁鶕?jù)你要模擬的精度來決定。 我在 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=8472282 中已經(jīng)建議閱讀官方的教程，如果分子動(dòng)力學(xué)模擬對(duì)你的課題很重要，再次建議你好好閱讀一下MS分子動(dòng)力學(xué)模塊，比如Discover的幫助文檔和教程，分子動(dòng)力學(xué)參數(shù)設(shè)置、平衡、數(shù)據(jù)分析是最基本的知識(shí)，MD官方教程給了規(guī)范、可靠、權(quán)威的解答。 |
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王太楊2樓2015-01-30 09:38:14
3樓2015-01-30 10:47:58
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