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收到一份審稿意見(jiàn)，我不明白，請(qǐng)高人指點(diǎn)
it seems inappropriate that all the H atoms for this structure were placed in calculated positions. While H3A is bound to O3 with a distance of 0.83 Å, the O6-H3A distance is only 1.58 Å. It seems that the H3A atom should be independently refined to some point between O3 and O6. I have to wonder whether a better model would be that both carboxylates are deprotonated, and that there are two H+ cations in the structure to balance the charge.

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SCI文章審稿人意見(jiàn)回來(lái)，卻不知如何答復(fù)，請(qǐng)各位前輩指點(diǎn) 已經(jīng)有7人回復(fù)

1樓 2015-02-04 21:05:53

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什么空間群，金屬鎳是不是處于特殊點(diǎn)，配體有幾個(gè)羧基

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5樓: Originally posted by 玲@玲 at 2015-02-05 11:32:42
兩個(gè)羧基，C2空間群...

我覺(jué)的不是晶體解析的問(wèn)題，而是審稿人質(zhì)疑你的加氫問(wèn)題，一般來(lái)說(shuō)，活潑氫是要差值傅立葉加的，而你羧基上的氫是理論加的吧，另外你看一下兩個(gè)羧基中的C-O鍵長(zhǎng)，如果沒(méi)有明顯的單鍵和雙鍵的區(qū)分，就證明羧基去質(zhì)子化了，此外帶來(lái)的問(wèn)題就是，不對(duì)稱單元中電荷要平衡，Ni是不是處于特殊點(diǎn)啊

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7樓2015-02-05 13:00:01

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8樓: Originally posted by 玲@玲 at 2015-02-05 15:19:30
我看了一下，C-O鍵長(zhǎng)分別為1.246和1.298，羧基的C-O雙鍵為1.21~1.23，C-O單鍵為1.3，是不是說(shuō)明羧基沒(méi)有去質(zhì)子。還有怎么看Ni是不是處于特殊點(diǎn)呢？

...

res文件中原子那一列
C9 1 -0.266724 0.445556 0.361774 11.00000 0.11970 0.05543 =
0.10804 0.00986 0.05334 -0.01239

比如上面的，其中11.00000就不是特殊點(diǎn)，10.50000，10.33333或者10.25000就是特殊點(diǎn)

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10樓2015-02-05 15:42:10

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11樓: Originally posted by 玲@玲 at 2015-02-05 16:08:33
是10.50000，還真是特殊點(diǎn) 特殊點(diǎn)意味著什么？...

意味著+2價(jià)的Ni對(duì)單胞的貢獻(xiàn)只有（+2*0.5=+1），因此兩個(gè)羧基中只有一個(gè)去質(zhì)子化了，另外一個(gè)差值傅立葉加氫，具體方法就是把那個(gè)氫刪掉，然后xl修一輪，在從它周圍找到合適（鍵長(zhǎng)及鍵角）的Q峰，命名為H3A，然后前面精修輪數(shù) 那個(gè)位置加上 difx 0.85 0.01 H3A O3 再改這個(gè)H3A 后面的最后一列數(shù) 改為-1.50000 xl精修一輪即可

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12樓2015-02-05 16:28:10

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你確定你解析的結(jié)構(gòu)沒(méi)有錯(cuò)？羧基上的H沒(méi)有去質(zhì)子化？

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2樓2015-02-04 21:25:55

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3樓: Originally posted by 我想更懂你29 at 2015-02-04 22:12:47
什么空間群，金屬鎳是不是處于特殊點(diǎn)，配體有幾個(gè)羧基

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2樓: Originally posted by evilbat at 2015-02-04 21:25:55
你確定你解析的結(jié)構(gòu)沒(méi)有錯(cuò)？羧基上的H沒(méi)有去質(zhì)子化？

我查了文獻(xiàn)，有羧基沒(méi)有去質(zhì)子化并配位的，晶體我解了好幾遍都是這個(gè)結(jié)果

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6樓2015-02-05 11:34:04

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7樓: Originally posted by 我想更懂你29 at 2015-02-05 13:00:01
我覺(jué)的不是晶體解析的問(wèn)題，而是審稿人質(zhì)疑你的加氫問(wèn)題，一般來(lái)說(shuō)，活潑氫是要差值傅立葉加的，而你羧基上的氫是理論加的吧，另外你看一下兩個(gè)羧基中的C-O鍵長(zhǎng)，如果沒(méi)有明顯的單鍵和雙鍵的區(qū)分，就證明羧基去質(zhì)子 ...

我看了一下，C-O鍵長(zhǎng)分別為1.246和1.298，羧基的C-O雙鍵為1.21~1.23，C-O單鍵為1.3，是不是說(shuō)明羧基沒(méi)有去質(zhì)子。還有怎么看Ni是不是處于特殊點(diǎn)呢？

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2樓: Originally posted by evilbat at 2015-02-04 21:25:55
你確定你解析的結(jié)構(gòu)沒(méi)有錯(cuò)？羧基上的H沒(méi)有去質(zhì)子化？

結(jié)構(gòu)應(yīng)該是沒(méi)有問(wèn)題的

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9樓2015-02-05 15:20:17

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