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測(cè)序小RNA文庫(kù)，鑒定植物病毒，用生物信息學(xué)如何分析 已有2人參與
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| 小弟我把有植物病毒的花葉做了小RNA文庫(kù)，公司沒(méi)有幫我分析，現(xiàn)在需要分析是哪種病毒，小弟我沒(méi)有接觸過(guò)生物信息學(xué)，所以請(qǐng)高手指點(diǎn)一下，如何鑒定這個(gè)病毒 |
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xingzhou823
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3樓2015-03-10 11:03:10
【答案】應(yīng)助回帖
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因?yàn)椴惶私饽銓?shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)和目的，如果單從做進(jìn)化樹(shù)的角度，一般可以用核酸序列或者氨基酸序列來(lái)做，但是要統(tǒng)一。比如我一般都是用蛋白的序列，就是搜集和你目的蛋白相似性高的其他相鄰物種蛋白序列或者模式生物蛋白序列。然后用MEGA 5.0 軟件，一般構(gòu)建的樹(shù)（方法）有3種 鄰近法 最大似然法 還有一種忘了，根據(jù)需要選，或者都可以嘗試主要就是軟件上的操作了，先比對(duì)序列，然后選擇方法構(gòu)建，也不難，你百度一下，都有介紹怎么操作的，很方便的。 |
9樓2015-03-11 17:41:14
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具體原理我說(shuō)不清，大致思路的話我個(gè)人理解是：把你的目的序列和搜集到的其他物種序列 比對(duì)后，用MEGA軟件，通過(guò)不同算法，計(jì)算物種之間的進(jìn)化距離，然后會(huì)有一個(gè)分類，計(jì)算時(shí)候會(huì)讓你選擇重復(fù)次數(shù)，可以選擇1000次，然后最后會(huì)得出一個(gè) bootstrap，簡(jiǎn)單解釋就是概率，就是把你這個(gè)目的蛋白和其他物種歸為一類的概率，或者說(shuō)可信度。然后還會(huì)提供進(jìn)化距離，會(huì)顯示和其他物種親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近。我的表述或許不太準(zhǔn)確，大致這個(gè)理解。 |
10樓2015-03-11 17:50:54
xingzhou823
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