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[交流]
[求助]Linux下安裝Siesta的方法
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| 誰能詳細(xì)說一下Linux下安裝Siesta的具體步驟，包括編譯的過程。十分感謝��！ |
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mengsk(金幣+10,VIP+0):非常感謝，希望能再詳細(xì)點(diǎn)！
lei0736(金幣+6,VIP+0):謝謝 夠詳細(xì)夠?qū)I(yè)
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SIESTA-2.0安裝 0 推薦 SIESTA是采用數(shù)值原子軌道基矢展開晶體的波函數(shù)，離子實(shí)與價(jià)電子之間的相互作用采用模守恒贗勢來描述的，其突出之處實(shí)現(xiàn)了O(N)算法，可以用來進(jìn)行大規(guī)模數(shù)值計(jì)算，比如模擬蛋白質(zhì)分子等復(fù)雜結(jié)構(gòu)材料體系。目前已開發(fā)至2.0版本。要獲取該程序，先從http://www.uam.es/departamentos/ciencias/fismateriac/siesta/下載license文件，打印后填寫上你的個(gè)人信息，簽名后，把該license通過航空信郵寄至license上寫的地址，大概一周后，就會(huì)收到開發(fā)組告訴你下載SIESTA-2.0的帳號(hào)和密碼。 下載，解壓后，會(huì)有一下幾個(gè)目錄和文件： Docs/ Examples/ Pseudo/ README SIESTA_LICENCE Src/ Tests/ Tutorials/ Util/ version.info 進(jìn)入Src目錄，在它的子目錄Confs下，選擇合適的configure文件(以.conf結(jié)尾的)。它提供了針對(duì)pgf90, g95和ifc編譯的configure文件。這里以g95的為例： 將Confs子目錄下的g95-cdf.conf拷貝至Src目錄下arch.make 下面就可以鍵入make進(jìn)行編譯了。 (這里以假定安裝好了g95編譯器,以及把libnetcdf.a安裝到了/usr/local/netcdf-g95/lib/目錄中). 在Redhat上編譯Siesta 1.3的步驟 作者：elizerbeth 文章來源：Yepriyo@zixia 點(diǎn)擊數(shù)：524 更新時(shí)間：2005-12-8 平臺(tái)：Redhat Advanced Server 3.0 Intel Xeon 2 CPU 編譯器:pgi 5.1 Linux 86 具體步驟如下： 解壓 siesta1.3.tar.tgz 然后到Src/Sys目錄下，運(yùn)行cp pgf90.make ../arch.make 此時(shí)應(yīng)當(dāng)注意arch.make 理由這樣一句話： # Important (at least for V5.0-1 of the pgf90 compiler...) # Compile atom.f without optimization. 我的理解是對(duì)pgf90 v5.01 編譯atom.f應(yīng)without optimization, 在此編譯器為V5.1 ,因此，將 # atom.o: $(FC) -c $(FFLAGS_DEBUG) atom.f 改為 # atom.o: $(FC) -c $(FFLAGS) atom.f 按照pgf90地說明FFLAGS是對(duì)應(yīng)的with optomization, 保存arch.make退出，然后運(yùn)行 make 即編譯siesta不報(bào)錯(cuò)。 此行語句如果不修改的話，編譯仍將報(bào)錯(cuò)。 接著在Pseudo/atom 目錄下運(yùn)行make編譯Pseudo。 為了驗(yàn)證siesta編譯成功，按照manual在siesta/test下建立test.fdf atom.psf 文件，其中atom.psf是要考察原子的Pseudo文件， 運(yùn)行 ../siesta < test.fdf |tee test.out,如果siesta成功編譯的話，即會(huì)輸出相應(yīng)的計(jì)算可結(jié)果。 |
2樓2008-06-19 14:13:31
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lei0736(金幣+2,VIP+0):謝謝持續(xù)關(guān)注 十大“耐思”版主評(píng)選歡迎參與投票 http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1
lei0736(金幣+2,VIP+0):謝謝持續(xù)關(guān)注 十大“耐思”版主評(píng)選歡迎參與投票 http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1
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我上次是用gfortran編譯的并行版，現(xiàn)在好久沒用，也記不是很清楚了。 按照版主的要求“再詳細(xì)點(diǎn)”，我今天再次重新編譯了一次，實(shí)際上siesta很容易編譯，如果你安裝有一個(gè)默認(rèn)的fortran90編譯器的，比如intel fortran編譯器（ifort），你只要直接下載siesta2.0.1.tar.tgz后，放到你的目錄，用tar -zxvf siesta2.0.1.tar.tgz解壓，然后進(jìn)入siesta-2.0.1/Src目錄下，./configure后直接make就可以了。 并行版稍微復(fù)雜一點(diǎn)點(diǎn)。 |
3樓2008-06-21 17:01:27
4樓2008-06-23 11:10:27
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