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[求助]
知道一個蛋白怎么查他在那條代謝途徑中 已有2人參與
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| 求助各位蟲友，知道蛋白在NCBI中，知道他的序列，登錄號。如何查他在哪條代謝通路中，我試著在KEGG中搜他的蛋白的名字可以找到相關(guān)的代謝途徑。但是如果我有幾個蛋白都叫一個名字時候怎么辦？不能直接根據(jù)登錄號搜索嗎？在哪里搜索？謝謝各位萬能的蟲友了。 |
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liuderong
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
silicare: 金幣+5, BioEPI+1, 謝謝參與 2015-03-17 09:03:45
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silicare: 金幣+5, BioEPI+1, 謝謝參與 2015-03-17 09:03:45
| 就NCBI的頁面來說，你用登錄號進(jìn)入某個蛋白的頁面，比如這個http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AEE82696.1。 把頁面拉到最下面，你可以看到蛋白的序列，蛋白序列上一個部分的內(nèi)容就有蛋白參與的代謝途徑，以“GO_process”開頭。GO數(shù)據(jù)庫有專門收錄蛋白參與代謝途徑的，http://amigo.geneontology.org/amigo/landing，你可以直接到這個網(wǎng)站里搜。特別說明，很多基因研究背景很模糊，沒有人知道它們參與那條途徑，所以搜不到也不要奇怪。 |
2樓2015-03-16 16:44:24
wizardfan
至尊木蟲 (著名寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
silicare: 金幣+5, BioEPI+1 2015-03-17 09:03:00
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
silicare: 金幣+5, BioEPI+1 2015-03-17 09:03:00
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best (in my opinion) protein database is Uniprot, the example used can be referenced to http://www.uniprot.org/uniprot/Q43125 via PICR (http://www.ebi.ac.uk/Tools/picr/). In the cross reference setion, there is a link to KEGG (the pathway database) http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ath:AT4G08920, on the right there is a link to KEGG Pathway which leads to http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ath04712 Interpro is obselete, so do not use it any more. |
4樓2015-03-17 08:59:05
3樓2015-03-16 21:36:47
5樓2015-07-16 15:26:08
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