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[求助]
知道一個(gè)蛋白怎么查他在那條代謝途徑中 已有2人參與
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| 求助各位蟲(chóng)友，知道蛋白在NCBI中，知道他的序列，登錄號(hào)。如何查他在哪條代謝通路中，我試著在KEGG中搜他的蛋白的名字可以找到相關(guān)的代謝途徑。但是如果我有幾個(gè)蛋白都叫一個(gè)名字時(shí)候怎么辦？不能直接根據(jù)登錄號(hào)搜索嗎？在哪里搜索？謝謝各位萬(wàn)能的蟲(chóng)友了。 |
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liuderong
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
silicare: 金幣+5, BioEPI+1, 謝謝參與 2015-03-17 09:03:45
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
silicare: 金幣+5, BioEPI+1, 謝謝參與 2015-03-17 09:03:45
| 就NCBI的頁(yè)面來(lái)說(shuō)，你用登錄號(hào)進(jìn)入某個(gè)蛋白的頁(yè)面，比如這個(gè)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AEE82696.1。 把頁(yè)面拉到最下面，你可以看到蛋白的序列，蛋白序列上一個(gè)部分的內(nèi)容就有蛋白參與的代謝途徑，以“GO_process”開(kāi)頭。GO數(shù)據(jù)庫(kù)有專門(mén)收錄蛋白參與代謝途徑的，http://amigo.geneontology.org/amigo/landing，你可以直接到這個(gè)網(wǎng)站里搜。特別說(shuō)明，很多基因研究背景很模糊，沒(méi)有人知道它們參與那條途徑，所以搜不到也不要奇怪。 |
2樓2015-03-16 16:44:24
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這兩個(gè)我都看到了，但是GO網(wǎng)站中，我看到他主頁(yè)中只有那么幾種東西人、大腸桿菌、家鼠等，沒(méi)有我需要的。我在interpro網(wǎng)站中搜到了蛋白的GO功能，返回來(lái)在GO網(wǎng)站中查GO功能時(shí)就是第一個(gè)搜索框，可以搜到但是看不懂。也對(duì)應(yīng)不到代謝途徑中。我先在主要就是想把這些蛋白對(duì)應(yīng)到代謝途徑中，笨辦法就是一個(gè)一個(gè)在KEGG中搜索對(duì)應(yīng)，但是覺(jué)得不夠系統(tǒng)，不夠快。唉~慢慢學(xué)習(xí)~謝謝啦 |
3樓2015-03-16 21:36:47
wizardfan
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
silicare: 金幣+5, BioEPI+1 2015-03-17 09:03:00
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
silicare: 金幣+5, BioEPI+1 2015-03-17 09:03:00
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best (in my opinion) protein database is Uniprot, the example used can be referenced to http://www.uniprot.org/uniprot/Q43125 via PICR (http://www.ebi.ac.uk/Tools/picr/). In the cross reference setion, there is a link to KEGG (the pathway database) http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ath:AT4G08920, on the right there is a link to KEGG Pathway which leads to http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ath04712 Interpro is obselete, so do not use it any more. |
4樓2015-03-17 08:59:05
tumget
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5樓2015-07-16 15:26:08
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