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moye1991新蟲 (初入文壇)
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[求助]
急求助!!amber和WHAM的問題,自由能曲面 已有1人參與
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求助各位仁兄! 我用amber進(jìn)行了REMD的模擬,一個(gè)蛋白質(zhì),26個(gè)溫度副本,F(xiàn)在想得到自由能曲面,用WHAM的方法,Grossfield Lab的。那么這個(gè)網(wǎng)站提供的這個(gè)程序怎么安裝在我的電腦上呢?有沒有同學(xué)裝過?它的說明書安裝好簡單,我照做了還是鍵入wham-2D命令沒有辦法啟動(dòng)。我想得到三維的自由能曲面,兩個(gè)坐標(biāo)分別為Rg,RMSD。那么WHAM中的metadatafile的輸入文件我要怎么寫,怎么處理得到的amber的輸出文件才能實(shí)現(xiàn)這個(gè)目的?有哪位高手做過的嗎?跪求指導(dǎo)!謝謝! |
銀蟲 (小有名氣)
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