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急求。PMF收斂問題求助 已有1人參與
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| 各位蟲友好，我是用MAMD模擬生物跨膜體系，利用ABF方法算出的PMF。但是關(guān)于PMF的部分，審稿人給出這樣的意見“The PMF results do not have any errors associated and no probe of the convergence of these simulations is shown in any part of the manuscript. This analysis should be included in a new version of the paper.” 請問其中的“ the convergence of these simulations”是指什么呢，應(yīng)該怎么回答呢？ 多謝多謝 |
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2樓2015-03-19 11:14:13
3樓2015-03-19 14:37:55
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4樓2015-03-20 07:49:25
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再多跑一段時間估計我的時間就太緊張了，我這個體系一個PMF下來少說要一個多星期。我還想請教一個問題，就是我在NAMD官網(wǎng)的很多自由能教程里面看到說：通過各個分窗口的.count文件或者.grad文件也可以判斷PMF是否收斂。如果PMF收斂了，則各個窗口的counts should increase uniformly�；蛘呤莗lot the forces stored in the *.grad files for all windows, checking for continuity across the window boundaries。但是我還是不太明白這是什么意思呢？“增加一致”和“窗口連續(xù)性”.......  |
5樓2015-03-23 16:00:16
lsloneil
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我沒用過NAMD，也沒用過Adaptive Biasing Force (ABF)計算過PMF，以下僅為我個人的解釋,可能不太嚴謹。 根據(jù)我的理解，ABF跟metadynamics有些類似，也是一種增強抽樣(enhanced sampling）的方法。其實現(xiàn)方法是在模擬過程中施加biasing force，逐漸把粒子從勢能面上的坑中拉出來。當勢能面上的坑被填平后，粒子相當于在一個沿反應(yīng)坐標自由能處處相等的勢能面上運動，這時采樣可以認為收斂了，就可以根據(jù)biasing force求出PMF。 我想你關(guān)于收斂的判據(jù)可能是來自這個文檔： http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... nel/channel-tut.pdf 里面提到三種判斷收斂的方法 1. One way to assess convergence is to plot sequential PMFs and observe any changes as the simulation progresses 這就是我之前回帖提到的判據(jù)，多跑一段時間，觀察PMF的變化。 2. You can also plot the counts, which measure the number of times each bin has been sampled. 這條也不難理解，當采樣收斂后，粒子在一個自由能處處相等的勢能面上運動，那么在反應(yīng)坐標為任何值處出現(xiàn)的概率是均等的，所以假如你把體系處于各個反應(yīng)坐標(each bin along the reaction coordinate）的頻率畫出來的話，得到的是一個均勻的分布。 3. As another way to judge convergence, you can plot the forces stored in the *.grad files for all windows, checking for continuity across the window boundaries. 這也不是太難理解。為了方便采樣我們把整個反應(yīng)坐標劃分成了幾個窗口。因為PMF是連續(xù)函數(shù)，所對應(yīng)的力（PMF的導(dǎo)數(shù))應(yīng)該也是連續(xù)函數(shù)，那么當采樣收斂后，這個力在每相鄰兩個窗口的交界處應(yīng)該是連續(xù)的。 感覺你對這種方法的原理還是不太了解。建議你有時間的話，閱讀一下相關(guān)的文獻，深入了解一下ABF的原理。 |
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yylcx6樓2015-03-24 09:12:39
7樓2015-03-24 10:48:43
8樓2015-05-07 14:25:39
9樓2015-11-23 10:29:51
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