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[求助]
急求。PMF收斂問題求助 已有1人參與
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| 各位蟲友好，我是用MAMD模擬生物跨膜體系，利用ABF方法算出的PMF。但是關(guān)于PMF的部分，審稿人給出這樣的意見“The PMF results do not have any errors associated and no probe of the convergence of these simulations is shown in any part of the manuscript. This analysis should be included in a new version of the paper.” 請問其中的“ the convergence of these simulations”是指什么呢，應(yīng)該怎么回答呢？ 多謝多謝 |
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3樓2015-03-19 14:37:55
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2樓2015-03-19 11:14:13
lsloneil
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4樓2015-03-20 07:49:25
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再多跑一段時間估計我的時間就太緊張了，我這個體系一個PMF下來少說要一個多星期。我還想請教一個問題，就是我在NAMD官網(wǎng)的很多自由能教程里面看到說：通過各個分窗口的.count文件或者.grad文件也可以判斷PMF是否收斂。如果PMF收斂了，則各個窗口的counts should increase uniformly�；蛘呤莗lot the forces stored in the *.grad files for all windows, checking for continuity across the window boundaries。但是我還是不太明白這是什么意思呢？“增加一致”和“窗口連續(xù)性”.......  |
5樓2015-03-23 16:00:16
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