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VASP計(jì)算任務(wù)中斷，原因是reason = mpd disappeared,求解決辦法。
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VASP計(jì)算一個(gè)任務(wù)，用計(jì)算機(jī)提交服務(wù)器進(jìn)行計(jì)算，然后將SSH窗口關(guān)掉之后，再次登錄任務(wù)就無故終端，log文件最后提示job aborted; reason = mpd disappeared。提交任務(wù)之前都需要在窗口上鍵入mpd &才能進(jìn)行計(jì)算，之前求助過這個(gè)問題，是因?yàn)閙pd不能自動(dòng)啟動(dòng)，需要手動(dòng)啟動(dòng)，但是為什么前端關(guān)閉，任務(wù)就結(jié)束了呢？我提交任務(wù)的命令是nohup mpirun -np 12 vaspmpi </dev/dull> log &, 已經(jīng)讓其后臺(tái)運(yùn)行了，為什么還中斷呢？有人回答cannot connect to local mpd (/tmp/mpd2.console_hf); possible causes: 1. no mpd is running on this host 2. an mpd is running but was started without a "console" (-n option)In case 1, you can start an mpd on this host with: mpd & and you will be able to run jobs just on this host. 有人說我的并行安裝有問題或者設(shè)置有問題，我安裝MPI的步驟如下： MPI（mpich2-1.0.8）安裝： 1. 進(jìn)入進(jìn)入指定目錄/home/vasp52/mpi/（目錄可以更改）下，進(jìn)入后打開終端，輸入以下命令進(jìn)行安裝： 解壓 tar -zxvf mpich2-1.0.8.tar.gz（請使用這個(gè)版本，使用1.4版沒有編譯過）。 2. 進(jìn)入安裝包 cd mpich2-1.0.8 3. 輸入命令 export F90=ifort FC=ifort 4. 檢查環(huán)境指定目錄 ./configure --prefix=/home/vasp52/mpich2/ --enable-f90 --enable-f77 （在configure的過程可能出現(xiàn)說域名錯(cuò)誤，那就修改/etc/hosts文件） 5. 進(jìn)行編譯 make 6. 編譯安裝 make install 7. 修改環(huán)境變量 vi ~/.bashrc，加入以下兩句 export PATH=/home/vasp/mpich2/bin/:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/home/vasp/mpich2/lib/:$LD_LIBRARY_PATH ulimit -s unlimited 8. 保存 source ~/.bashrc。 9. 輸入命令： cd $HOME touch /etc/mpd.conf chmod 600 /etc/mpd.conf vi /etc/mpd.conf進(jìn)入文本文檔，輸入secretword=123456（數(shù)字可以隨意），保存退出。 再輸入命令： mpd &就OK了。 輸入以下命令：which mpd which mpiexec which mpdrun 能找到相對應(yīng)的路徑就說明沒問題了。 求大神指點(diǎn)具體改進(jìn)的方法！感激不盡！ 上一次求助的鏈接http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=8257344&fpage=1&target=self&page=1 |
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KalaShayminS
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3樓2015-04-28 09:16:09
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