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葵cc_木蟲 (小有名氣)
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[交流]
如何用vmd看neb的結(jié)果 已有5人參與
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想用vasp計(jì)算原子在表面的擴(kuò)散勢壘，通過NEB，計(jì)算出結(jié)果之后，使用nebmovie.pl 產(chǎn)生了movie和movie.vasp 兩個(gè)文件。本人使用的vasp版本是5.3的，NEB是http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/download.html 網(wǎng)站上的Version: 3.1, Mar. 28, 2014 (compatible with vasp.5.3.x)版本。 查找了小木蟲上一些入門資料，都是用nebmovie.pl 產(chǎn)生了movie和movie.xyz兩個(gè)文件，我的問題： （1）不知道m(xù)ovie.vasp和movie.xyz這兩個(gè)文件是不是就是一樣的 （2）movie.vasp和movie.vasp這兩個(gè)文件要怎么看，讀不懂 （3）嘗試用vmd觀察這兩個(gè)文件，但好像不成功，請問有人能介紹一下怎么用vmd看neb的結(jié)果嗎？ 謝謝~~~ |
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2樓2016-04-18 12:14:01
3樓2016-04-18 20:20:07
蛋蛋小童鞋
版主 (著名寫手)
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4樓2016-06-17 16:38:18
valenhou001
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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1. movie.vasp格式的可能與POSCAR格式類似的文件，只不過把多個(gè)POSCAR合并寫到了一個(gè)文件。里面除了原子坐標(biāo)信息，還有晶格矢量的信息。而movie.xyz是xyz格式的文件，里面只還有原子坐標(biāo)和原子個(gè)數(shù)之類的信息，它里面可能包含了多個(gè)結(jié)構(gòu)。 2.這兩個(gè)文件都是文本格式的文件，打開直接可讀的。要顯示的話，jmol就可以直接顯示movie.xyz文件，并顯示出每個(gè)結(jié)構(gòu)。 3.那你問題是屬于如何使用vmd了。操作步驟不當(dāng)。在用vmd軟件load文件時(shí)，選擇一下文件的格式。前者選擇vasp poscar格式，后者選擇xyz。 在網(wǎng)上找找vmd的使用。 http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ial-html/node3.html |
5樓2016-06-19 20:03:02
luzihen
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6樓2016-06-21 20:54:25
葵cc_
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7樓2016-06-22 10:23:49
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