 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2900 | 回復(fù): 6 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
葵cc_木蟲 (小有名氣)
|
[交流]
如何用vmd看neb的結(jié)果 已有5人參與
|
||
|
想用vasp計算原子在表面的擴散勢壘，通過NEB，計算出結(jié)果之后，使用nebmovie.pl 產(chǎn)生了movie和movie.vasp 兩個文件。本人使用的vasp版本是5.3的，NEB是http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/download.html 網(wǎng)站上的Version: 3.1, Mar. 28, 2014 (compatible with vasp.5.3.x)版本。 查找了小木蟲上一些入門資料，都是用nebmovie.pl 產(chǎn)生了movie和movie.xyz兩個文件，我的問題： （1）不知道m(xù)ovie.vasp和movie.xyz這兩個文件是不是就是一樣的 （2）movie.vasp和movie.vasp這兩個文件要怎么看，讀不懂 （3）嘗試用vmd觀察這兩個文件，但好像不成功，請問有人能介紹一下怎么用vmd看neb的結(jié)果嗎？ 謝謝~~~ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
304求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
材料工程專碩調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿天大材料與化工（085600）總分338
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085700資源與環(huán)境308求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
求材料調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
294求調(diào)劑材料與化工專碩
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿華中科技大學(xué)，080502，354分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
085410人工智能專碩317求調(diào)劑（0854都可以）
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- VASP NEB 不收斂問題
已經(jīng)有25人回復(fù)
- CI-NEB得出能量與優(yōu)化結(jié)果不一致
已經(jīng)有6人回復(fù)
- neb結(jié)果分析中遇到的問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- cl-neb結(jié)果不收斂
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 【求助】The distance between some ions is very small
已經(jīng)有18人回復(fù)
3樓2016-04-18 20:20:07
2樓2016-04-18 12:14:01
蛋蛋小童鞋
版主 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 71 (初中生)
- 貴賓: 0.058
- 金幣: 13668.4
- 散金: 497
- 紅花: 29
- 沙發(fā): 1
- 帖子: 2066
- 在線: 753.4小時
- 蟲號: 4083004
- 注冊: 2015-09-18
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
- 管轄: 第一性原理
4樓2016-06-17 16:38:18
valenhou001
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
- 1ST強帖: 13
- 應(yīng)助: 241 (大學(xué)生)
- 金幣: 25701.7
- 散金: 602
- 紅花: 166
- 帖子: 3782
- 在線: 873.8小時
- 蟲號: 1007127
- 注冊: 2010-04-27
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
|
1. movie.vasp格式的可能與POSCAR格式類似的文件，只不過把多個POSCAR合并寫到了一個文件。里面除了原子坐標信息，還有晶格矢量的信息。而movie.xyz是xyz格式的文件，里面只還有原子坐標和原子個數(shù)之類的信息，它里面可能包含了多個結(jié)構(gòu)。 2.這兩個文件都是文本格式的文件，打開直接可讀的。要顯示的話，jmol就可以直接顯示movie.xyz文件，并顯示出每個結(jié)構(gòu)。 3.那你問題是屬于如何使用vmd了。操作步驟不當(dāng)。在用vmd軟件load文件時，選擇一下文件的格式。前者選擇vasp poscar格式，后者選擇xyz。 在網(wǎng)上找找vmd的使用。 http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ial-html/node3.html |
5樓2016-06-19 20:03:02
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿武理材料305分求調(diào)劑 +5 | 想上岸的鯉魚 2026-03-18 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 314求調(diào)劑 +8 | 無懈可擊的巨人 2026-03-12 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0854可跨調(diào)劑，一作一項核心論文五項專利，省、國級證書40+數(shù)一英一287 +8 | 小李0854 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 298-一志愿中國農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑 +7 | 手機用戶 2026-03-17 | 7/350 |
|
|
[考研] 0703化學(xué)336分求調(diào)劑 +6 | zbzihdhd 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +5 | 緒幸與子 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +5 | 時間點 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0854控制工程 359求調(diào)劑 可跨專業(yè) +3 | 626776879 2026-03-14 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +5 | 素年祭語 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中師范071000，325求調(diào)劑 +6 | RuitingC 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 070303 總分349求調(diào)劑 +3 | LJY9966 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703 物理化學(xué)調(diào)劑 +3 | 我可以上岸的對?/a> 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +4 | 奇點0314 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 中科大材料專碩319求調(diào)劑 +3 | 孟鑫材料 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 297一志愿上交085600求調(diào)劑 +5 | 指尖八千里 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0856材料與化工301求調(diào)劑 +5 | 奕束光 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 冬十三 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +3 | S.H1 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 程雨杭 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0817化學(xué)工程與技術(shù)考研312分調(diào)劑 +3 | T123 tt 2026-03-12 | 3/150 |
|