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dblydxgl金蟲 (小有名氣)
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[求助]
單倍型haplotype 重構(gòu) nucleotide diversity Tajima'D
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新人，最近在用PHASE 重構(gòu)單倍型，但是按照文章上面的參數(shù)跑了十天，還有還幾個(gè)沒有出結(jié)果，擔(dān)心是不是有點(diǎn)問題？ 一般用DNAsp分析核苷酸多態(tài)性會(huì)要求輸入文件是單體型，所以就用單獨(dú)的PHASE 軟件重構(gòu)，但是我的數(shù)據(jù)雜合度大，而且可能有點(diǎn)位點(diǎn)還有測(cè)序錯(cuò)誤，有沒有人遇到過這種情況。有些文章也會(huì)用其他軟件(比如Beagle)分析nucleotide diversity，Tajima'D，但是沒有試過，不知道有沒有推薦使用? 因?yàn)镈NPsp 可以輸入基因區(qū)域，很多的參考文章都用這個(gè)軟件，所以這里采用這個(gè)軟件 另外一個(gè)問題是，在PHASE軟件處理以后，有些位點(diǎn)的單倍型或基因型不是確定的，就是用圓括號(hào)或者方括號(hào)括起來，但是也會(huì)給出每個(gè)個(gè)體出現(xiàn)概率最大的那個(gè)單倍型組合，請(qǐng)問這樣的話，如何取舍這些位點(diǎn)，是直接用概率最高的那個(gè)組合輸入DNAsp嗎？ 謝謝~~ |
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