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dblydxgl金蟲 (小有名氣)
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[求助]
單倍型haplotype 重構 nucleotide diversity Tajima'D
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新人，最近在用PHASE 重構單倍型，但是按照文章上面的參數跑了十天，還有還幾個沒有出結果，擔心是不是有點問題？ 一般用DNAsp分析核苷酸多態(tài)性會要求輸入文件是單體型，所以就用單獨的PHASE 軟件重構，但是我的數據雜合度大，而且可能有點位點還有測序錯誤，有沒有人遇到過這種情況。有些文章也會用其他軟件(比如Beagle)分析nucleotide diversity，Tajima'D，但是沒有試過，不知道有沒有推薦使用? 因為DNPsp 可以輸入基因區(qū)域，很多的參考文章都用這個軟件，所以這里采用這個軟件 另外一個問題是，在PHASE軟件處理以后，有些位點的單倍型或基因型不是確定的，就是用圓括號或者方括號括起來，但是也會給出每個個體出現概率最大的那個單倍型組合，請問這樣的話，如何取舍這些位點，是直接用概率最高的那個組合輸入DNAsp嗎？ 謝謝~~ |
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2樓2015-10-21 00:00:33
dblydxgl
金蟲 (小有名氣)
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3樓2015-10-21 00:28:42
4樓2015-10-21 22:08:49
5樓2018-02-28 14:17:10
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