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螺旋藻木蟲 (正式寫手)
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[求助]
想做分子對接，有關(guān)配體能量最小化的問題。請前輩指點(diǎn)，謝謝！ 已有2人參與
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我的操作是： 找各種文獻(xiàn)，確認(rèn)公認(rèn)正確結(jié)構(gòu)式， 先chemdraw 2D，然后chembio3D, Rectify, Cleanup, MM2, Guassian，最后在autodock。不知妥否？ 問題： （1） 2D畫好的*.cdx ，check structure，clean up structure， 進(jìn)行最原始的優(yōu)化， 好像每做一次 clean up structure，都有些變化， 不會(huì)最終固定在一個(gè)形式上， 請問做一次 clean up structure 與多做幾次有區(qū)別嗎？ （2） MM2，Guassian能量最小化時(shí)都用的默認(rèn)，妥否？ （3）autodock 結(jié)果每次不大一致，聽網(wǎng)上建議 將GA RunS 次數(shù)由10 改為100， 要好一些。 算下來的配體與酶結(jié)合能同報(bào)道的LD50趨勢有，但很不明顯。 比如半致死一種 100，一種800， 而 算下來結(jié)果一個(gè)是-6.5， 一個(gè)是 -5.0 ， 請大神不吝賜教。 干不下去了  |
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 autodock |
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2樓2015-04-13 09:00:04
fan728516414
銀蟲 (小有名氣)
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螺旋藻: 金幣+21 2015-04-15 23:14:19
| autodock只是一種輔助，參考。結(jié)構(gòu)優(yōu)化，那么做應(yīng)該可以了。還有你這兩種化合物的對照的配體是什么，就是建立的對接模型。比如已經(jīng)被確定很好療效的化合物的對接結(jié)果作參考。還有你的兩種化合物的作用靶點(diǎn)確定是一樣的，不能拿兩個(gè)不同靶點(diǎn)藥物做對比。好比我做的HIV整合酶抑制劑和逆轉(zhuǎn)錄酶抑制劑。不防把你的盒子的大小設(shè)大點(diǎn)看看。我也是初學(xué)者，樓上的那個(gè)是大神，但人家是要賺錢的，所以回答問題很籠統(tǒng)，好多帖子都是了，告訴你問題就是不告訴你怎么解決。我們可以交流啊。 |
3樓2015-04-14 15:21:40
4樓2015-06-14 22:17:13
5樓2015-06-15 14:53:07
6樓2015-06-30 21:37:06
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