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2011164112新蟲 (初入文壇)
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Whether 3-nitrotyrosine is important in normal cellular processes or is likely to affect specific biological pathways remains unclear. Using GPS-YNO2, a recently described 3-nitrotyrosine prediction algorithm, a set of predictions for nitrated residues in the human proteome was generated. In total, 9.27 per cent of the proteome was predicted to be nitratable (27 922/ 301 091). By matching the predictions against a set of curated and experimentally validated 3-nitrotyrosine sites in human proteins, it was found that GPS-YNO2 is able to predict 73.1 per cent (404/553) of these sites. Furthermore, of these sites, 42 have been shown to be nitrated endogenously, with 85.7 per cent (36/42) of these predicted to be nitrated. This demonstrates the feasibility of using the predicted dataset for a whole proteome analysis. |
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3-硝基酪氨酸是否對(duì)正常的細(xì)胞過(guò)程很重要或者有可能影響特定的生物學(xué)途徑，一切尚不明確。 通過(guò)使用 GPS-YNO2，生成了一個(gè)新的描述3-硝基酪氨酸的預(yù)測(cè)算法以及一組關(guān)于人類蛋白質(zhì)組中消化殘留物的語(yǔ)言。 總計(jì)，蛋白質(zhì)組9.27%的組分被預(yù)測(cè)具有可硝化性 (27 922/301 091)。 通過(guò)匹配預(yù)測(cè)及有針對(duì)性的監(jiān)管和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證3-硝基酪氨酸在人類蛋白質(zhì)中的位點(diǎn)，發(fā)現(xiàn)GPS-YNO2能預(yù)測(cè)73.1%(404/553)的位點(diǎn)。 此外，在那些位點(diǎn)中，42個(gè)已經(jīng)被證明了是內(nèi)生硝化，其中有85.7%(36/42) 被預(yù)測(cè)到能硝化。 這論證了使用預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)分析整個(gè)蛋白質(zhì)組的可行性。 |
2樓2015-04-24 09:18:03
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