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aflymoon金蟲 (小有名氣)
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[求助]
特殊位置氧原子加氫怎么處理 已有1人參與
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遇到一個晶體結構 中心氧原子的占有率是1/6,要加氫成OH,無法在殘余峰中找到氫原子 如果hadd理論加氫,grow之后會跑出六個占有率為1/6的氫原子,非;靵y 請問哪位大俠有這方面加氫的經驗,萬分感激! |
木蟲 (正式寫手)
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本人初學結構解析,幾點心得體會,與鈞分享如下: 1,無法在殘余峰中找到氫原子,似乎這不太可能,往往角度和距離不合理罷了,用DFIX限制下OH和HA-HB的距離,一般能解決問題。 2,占有率無序的原子加氫,個人覺得最靠譜的方法就是通過wingx找到理論氫的原子坐標(個人覺得,不管用什么方法加氫,其實就是找氫理想的原子坐標),然后修改熱振動參數,令人滿意的是,通過Cal-OH計算得到的氫原子坐標,往往合理,不報AB類錯誤。當然,任何一種方法沒有絕對的萬能,有些氫用此種方法是找不到理論坐標的。 3,還可用Xseed理論加氫,通常此類方法加氫,鍵長要長些。 上面是我的一點心得體會,很多為什么,本人也不是很清楚,望各位高手雅正,我也可進步,謝謝。 |

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